Firma produkcyjna z Mazowsza odkrywa w marcu, że jej systemy księgowe nie generują pliku JPK_CIT w wymaganym formacie. Termin złożenia mija za kilka tygodni. Dane o kosztach uzyskania przychodu, transakcjach z podmiotami powiązanymi i ewidencji środków trwałych są rozproszone w trzech różnych systemach. To nie jest scenariusz hipotetyczny – to sytuacja, z którą zgłaszają się do nas klienci.

JPK_CIT to nowy obowiązek sprawozdawczy nakładający na podatników CIT wymóg przekazywania ustrukturyzowanych danych z ksiąg rachunkowych do Krajowej Administracji Skarbowej. Obowiązek wchodzi w życie etapami: od roku podatkowego 2024 dla największych podatników, od roku 2025 dla pozostałych podmiotów CIT. Brak terminowego złożenia naraża spółkę na sankcje karne skarbowe oraz wzmożone zainteresowanie ze strony KAS.

Poniżej omawiamy, co się zmieniło, kogo dotyczą nowe przepisy i jakie działania należy podjąć natychmiast – zanim termin złożenia zamknie drogę do korekty bez konsekwencji.

Co zmienił JPK_CIT i kogo dotyczy w pierwszej kolejności?

JPK_CIT zastępuje dotychczasowe, fragmentaryczne raportowanie danych księgowych. Ministerstwo Finansów rozszerzyło strukturę Jednolitego Pliku Kontrolnego o moduł CIT-specific, obejmujący pełną ewidencję przychodów i kosztów, dane o środkach trwałych oraz informacje o transakcjach z podmiotami powiązanymi. KAS zyskuje tym samym dostęp do danych, które wcześniej ujawniały się dopiero w toku kontroli podatkowej.

Pierwsze kryterium to próg przychodowy. Za rok podatkowy 2024 obowiązek raportowania JPK_CIT objął podatników, których przychody przekroczyły 50 mln euro. To podmioty, które dotychczas składały już JPK_VAT i były przyzwyczajone do raportowania ustrukturyzowanego – ale zakres danych CIT jest znacznie szerszy. Za rok 2025 obowiązek rozciąga się na wszystkich podatników CIT, w tym spółki z o.o. o mniejszych obrotach, spółki komandytowe i spółki akcyjne.

Fundacje rodzinne zarejestrowane po maju 2023 r. również podlegają CIT – choć korzystają ze zwolnienia na poziomie fundacji, ich ewidencja musi być prowadzona w sposób umożliwiający wygenerowanie JPK_CIT. W praktyce – wiele z nich o tym zapomina – systemy rachunkowe fundacji były konfigurowane bez uwzględnienia struktury JPK. To błąd, który ujawnia się dopiero przy próbie eksportu danych.

Dla spółek korzystających z IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT) JPK_CIT oznacza konieczność wyodrębnienia ewidencji kwalifikowanych dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej w formacie zgodnym z nową strukturą. Brak tej ewidencji w pliku JPK może skutkować zakwestionowaniem prawa do preferencyjnej stawki 5% przez organ podatkowy.

Jakie dane i systemy trzeba sprawdzić przed złożeniem JPK_CIT?

Przygotowanie JPK_CIT wymaga weryfikacji trzech warstw danych: ewidencji księgowej, danych podatkowych i informacji o transakcjach wewnątrzgrupowych. Każda z tych warstw może zawierać błędy, które – po przekazaniu do KAS – stają się punktem wyjścia dla kontroli podatkowej. Nieodwracalne skutki błędnego pliku są poważniejsze niż opóźnienie złożenia.

Pierwsza warstwa to ewidencja kosztów uzyskania przychodu. Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, kosztami podatkowymi są wydatki poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia ich źródła. JPK_CIT wymaga przypisania każdego kosztu do odpowiedniego konta syntetycznego i analitycznego. Rozbieżności między ewidencją bilansową a podatkową muszą być wyjaśnione przed eksportem – nie po.

Druga warstwa to ceny transferowe. Spółki realizujące transakcje z podmiotami powiązanymi przekraczające progi dokumentacyjne (co do zasady 10 mln PLN dla transakcji towarowych) muszą zadbać, by dane w JPK_CIT były spójne z lokalną dokumentacją cen transferowych. KAS będzie krzyżować te informacje automatycznie. Rozbieżność między JPK_CIT a dokumentacją TP to sygnał alarmowy dla organu.

Trzecia warstwa to środki trwałe i wartości niematerialne. Ewidencja środków trwałych w JPK_CIT obejmuje daty nabycia, wartości początkowe, odpisy amortyzacyjne i metody amortyzacji. Firmy, które w ostatnich latach przeprowadzały inwentaryzacje lub korekty wartości, powinny zweryfikować zgodność danych w systemie FK z danymi podatkowymi. Rozbieżność rzędu nawet kilkuset złotych może wygenerować pytanie ze strony KAS.

Mikroprzedsiębiorstwo IT z Krakowa odkryło jesienią 2024 r., że jego system ERP nie eksportuje danych środków trwałych w formacie XSD wymaganym przez strukturę JPK_CIT. Koszt doraźnej integracji wyniósł kilkanaście tysięcy złotych i zajął sześć tygodni – zbyt długo, by zdążyć przed terminem bez wsparcia zewnętrznego doradcy podatkowego.

Co zrobić natychmiast – lista działań przed terminem?

Czas działa przeciwko spółce. Każdy dzień zwłoki w weryfikacji danych to dzień mniej na korektę błędów przed złożeniem pliku. Sankcje karne skarbowe za nierzetelny JPK_CIT mogą sięgać 720 stawek dziennych – to kwoty przekraczające 30 000 PLN w typowych przypadkach. Odpowiedzialność osobista członków zarządu za zaległości podatkowe wynika wprost z art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej.

Poniżej lista działań, które Państwa spółka powinna podjąć w ciągu najbliższych 14 dni:

  • Zweryfikuj, czy system FK generuje plik w aktualnej strukturze JPK_CIT (wersja obowiązująca dla roku 2024/2025) – sprawdź z dostawcą oprogramowania.
  • Porównaj ewidencję kosztów podatkowych z bilansową i wyjaśnij wszystkie różnice przed eksportem danych.
  • Skonfrontuj dane o transakcjach z podmiotami powiązanymi w JPK_CIT z dokumentacją cen transferowych – spójność jest obowiązkowa.
  • Sprawdź, czy ewidencja IP Box (jeśli dotyczy) jest wyodrębniona w sposób zgodny z art. 24d ustawy o CIT i możliwa do eksportu w strukturze JPK.
  • Upewnij się, że integracja z KSeF – jeśli Państwa spółka jest już objęta obowiązkiem – nie generuje rozbieżności w danych VAT, które mogłyby być krzyżowane z JPK_CIT.

Spółka holdingowa z Trójmiasta, obsługująca kilka podmiotów zależnych, przeprowadziła w lutym 2025 r. wewnętrzny audyt danych przed złożeniem JPK_CIT. Wykryto błędy w ewidencji amortyzacji w dwóch spółkach córkach. Korekta zajęła trzy tygodnie i wymagała zaangażowania zewnętrznego doradcy ds. integracji KSeF – ale plik złożono prawidłowo i w terminie.

Warto też pamiętać, że JPK_CIT to nie jednorazowe zdarzenie. KAS będzie analizować dane z kolejnych lat i porównywać je między sobą. Spójność danych rok do roku staje się nowym standardem kontrolnym. Jeśli Państwa spółka rozważa mediację w sporach z organami podatkowymi, warto wiedzieć, że prawidłowo złożony JPK_CIT znacząco wzmacnia pozycję negocjacyjną podatnika.

Konkretna sytuacja Państwa spółki wymaga oceny indywidualnej – błędy w JPK_CIT złożonym do KAS mogą mieć nieodwracalne konsekwencje w postaci wszczęcia kontroli podatkowej lub postępowania karnego skarbowego. Nie ma możliwości „cofnięcia" pliku bez formalnej korekty, która sama w sobie przyciąga uwagę organu.

Jeśli Państwa spółka nie zakończyła jeszcze weryfikacji danych do JPK_CIT lub ma wątpliwości co do spójności ewidencji podatkowej – przeprowadzimy szybki przegląd gotowości, wskażemy luki i pomożemy w korekcie przed terminem: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy spółka z o.o. o przychodach poniżej 50 mln euro musi składać JPK_CIT za rok 2024?

O: Za rok podatkowy 2024 obowiązek JPK_CIT objął wyłącznie podatników CIT z przychodami powyżej 50 mln euro. Spółki poniżej tego progu wchodzą w obowiązek za rok podatkowy 2025 – co oznacza, że mają czas do momentu złożenia zeznania CIT-8 za 2025 rok, czyli co do zasady do końca marca 2026 roku. Jednak przygotowanie systemów warto rozpocząć natychmiast, bo integracja techniczna zajmuje od 4 do 12 tygodni.

P: Czy JPK_CIT zastępuje dokumentację cen transferowych?

O: Nie – to powszechne nieporozumienie. JPK_CIT to plik ewidencyjny zawierający dane księgowe i podatkowe, natomiast dokumentacja cen transferowych (lokalna i grupowa) pozostaje odrębnym obowiązkiem. Organ podatkowy będzie jednak krzyżować dane z obu źródeł. Rozbieżność między wartościami transakcji w JPK_CIT a dokumentacją transferową jest jednym z pierwszych sygnałów, które mogą uruchomić kontrolę KAS.

P: Jakie są konsekwencje złożenia nierzetelnego pliku JPK_CIT?

O: Złożenie pliku zawierającego dane niezgodne ze stanem faktycznym może być kwalifikowane jako przestępstwo karno-skarbowe. Zgodnie z Kodeksem karnym skarbowym, kara może wynieść do 720 stawek dziennych. Niezależnie od odpowiedzialności karno-skarbowej spółki, artykuł 116 paragraf 1 Ordynacji podatkowej przewiduje osobistą odpowiedzialność członków zarządu za zaległości podatkowe wynikające z nierzetelnej ewidencji. Bezpieczniejszym rozwiązaniem jest złożenie korekty z wyjaśnieniem niż pozostawienie błędów bez reakcji.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, wdrożeń JPK_CIT, KSeF i obsługi kontroli KAS. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.