Firma dystrybucyjna z Mazowsza zorientowała się w lutym 2026 r., że jej system ERP nie obsługuje formatu FA(3). Do obowiązkowego wdrożenia KSeF zostało sześć tygodni. Dział księgowy działał na starym oprogramowaniu, a dostawca IT nie był w stanie dostarczyć aktualizacji w terminie. Pytanie brzmiało: jakie kary grożą i czy da się ich uniknąć?

Krajowy System e-Faktur (KSeF) nakłada na podatników VAT obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w formacie FA(3) na podstawie artykułu 106na ustawy o VAT. Obowiązek ten wszedł w życie 1 kwietnia 2026 roku dla zdecydowanej większości podatników VAT. Kary za naruszenia obowiązują od 1 stycznia 2027 roku, co oznacza, że przez pierwsze dziewięć miesięcy funkcjonuje okres przejściowy.

Ten artykuł opisuje anonimizowaną sprawę z naszej praktyki. Pokazujemy, jak wyliczyliśmy ryzyko, jaką strategię przyjęliśmy i jakie wnioski można z tego wyciągnąć. Struktura: tło sprawy → strategia i obliczenia → przebieg wdrożenia → lekcje dla innych firm.

Tło sprawy – dlaczego firma znalazła się na krawędzi?

Klient prowadził działalność dystrybucyjną w modelu B2B, wystawiając miesięcznie ponad 800 faktur. Obrót roczny przekraczał PLN 15 mln. Firma korzystała z systemu ERP wdrożonego w 2017 r., który nie przewidywał integracji z KSeF. Dostawca oprogramowania poinformował o dostępności aktualizacji dopiero w grudniu 2025 r. – z terminem realizacji na maj 2026 r.

Problem był wielowarstwowy. Po pierwsze, brak integracji z KSeF oznaczał niemożność wystawiania faktur ustrukturyzowanych w terminie. Po drugie, faktury wystawiane poza systemem nie byłyby uznawane za prawidłowe dokumenty VAT. Po trzecie – i to był największy niepokój klienta – ryzyko zakwestionowania kosztów uzyskania przychodu przez kontrolę KAS.

Warto tu zaznaczyć: art. 15 ust. 1 ustawy o CIT dopuszcza odliczenie kosztów poniesionych w celu osiągnięcia przychodów. Jednak faktura wystawiona z naruszeniem przepisów o KSeF może zostać zakwestionowana jako dowód poniesienia kosztu. To ryzyko dotyczyło nie tylko samej firmy, ale i jej kontrahentów.

Zgłoszono się do nas 6 lutego 2026 r. Mieliśmy 53 dni robocze do wejścia obowiązku w życie i dziewięć miesięcy do momentu, gdy kary stają się realne.

Jak obliczyć karę i jakie ryzyko realnie groziło klientowi?

Przepisy o karach za brak KSeF wchodzą w życie 1 stycznia 2027 r. Kara za wystawienie faktury poza KSeF wynosi do 100% kwoty VAT z faktury, nie mniej jednak niż 200 zł za każdą fakturę. Przy 800 fakturach miesięcznie i przeciętnej kwocie VAT rzędu 2 300 zł – potencjalna ekspozycja sięgała PLN 1,84 mln miesięcznie w scenariuszu maksymalnym.

W praktyce KAS rzadko stosuje kary w pełnej wysokości przy pierwszych naruszeniach. Niemniej organ ma prawo do ich naliczenia za każdą fakturę osobno. Łączna ekspozycja za dziewięć miesięcy naruszenia (kwiecień–grudzień 2026) mogłaby wynieść nawet PLN 16 mln – gdyby kary weszły natychmiast. Ponieważ jednak sankcje zaczną obowiązywać dopiero od 1 stycznia 2027 r., klient zyskiwał bufor czasowy.

Równolegle oceniliśmy ryzyko podatkowe w CIT. Stawka CIT wynosi 19% zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy o CIT. Zakwestionowanie faktur jako kosztów przez KAS oznaczałoby dodatkowe zobowiązanie podatkowe plus odsetki za zwłokę naliczane według stopy 14,5% w skali roku. Przy zakwestionowaniu kosztów na poziomie PLN 5 mln – dodatkowy podatek wyniósłby PLN 950 000.

To były liczby, które przekonały zarząd do natychmiastowego działania. W sprawie wdrożenia KSeF – skontaktuj się z naszym zespołem podatkowym: info@kordeckipartners.com.

Jak przebiegało wdrożenie i co pomogło uniknąć kar?

Przyjęliśmy strategię trójfazową. Faza pierwsza – do 1 kwietnia 2026 r. – obejmowała wdrożenie rozwiązania pomostowego. Klient zaczął korzystać z zewnętrznego narzędzia do wystawiania faktur ustrukturyzowanych, kompatybilnego z KSeF. Koszt licencji wyniósł PLN 18 000 rocznie. To była decyzja bólowa, ale racjonalna wobec alternatywy.

Faza druga – od kwietnia do lipca 2026 r. – to migracja danych i integracja docelowego systemu ERP. Negocjowaliśmy z dostawcą IT skrócenie terminu wdrożenia do 15 czerwca 2026 r., uzyskując gwarancję kontraktową z karą umowną PLN 80 000 za opóźnienie. Taki zapis zmotywował dostawcę do dotrzymania terminu.

Faza trzecia – szkolenie pracowników i audyt wewnętrzny. Przeprowadziliśmy przegląd 90 dni historycznych faktur pod kątem potencjalnych nieprawidłowości. Zidentyfikowaliśmy 14 faktur wystawionych z błędami formalnymi, które skorygowano przed 1 kwietnia 2026 r. To działanie profilaktyczne – gdyby kontrola KAS sięgnęła wstecz, firma miała dokumentację naprawczą.

Sprawa pokazuje też, że harmonogram wdrożenia regulacji technologicznych nigdy nie powinien być traktowany jako abstrakcja. Zarówno AI Act, jak i KSeF mają konkretne daty graniczne – i obie wymagają przygotowania systemowego z co najmniej rocznym wyprzedzeniem.

Jakie lekcje wyciągnęliśmy i co każda firma powinna sprawdzić?

Pierwsza lekcja: ryzyko KSeF to nie tylko ryzyko VAT. To ryzyko CIT, ryzyko kontrahenta i ryzyko reputacyjne. Firma, która wystawia faktury poza KSeF, naraża swoich odbiorców na problemy z odliczeniem VAT naliczonego. W relacjach B2B to może oznaczać utratę klientów szybciej niż przyjście kontroli KAS.

Druga lekcja: termin wejścia kar (1 stycznia 2027 r.) nie oznacza, że można zwlekać. Faktury wystawione niezgodnie z wymogami KSeF od 1 kwietnia 2026 r. będą istniały w systemie jako dowody naruszenia. Gdy kary wejdą w życie, organ będzie miał pełną historię. Nie ma mechanizmu amnestii dla naruszeń z okresu przejściowego.

Trzecia lekcja: podobnie jak przy nowych definicjach w podatku od nieruchomości, zmiany podatkowe wymagają przeglądu umów i procesów – nie tylko systemów IT. Warto sprawdzić, czy umowy z dostawcami ERP zawierają klauzule dostosowawcze do zmian regulacyjnych.

Czwarta lekcja: doradca podatkowy Warszawa to nie tylko deklaracje. To także bieżący monitoring zmian i szybka reakcja na ryzyka, zanim staną się kosztami. W tej sprawie interwencja 53 dni przed terminem wystarczyła. Przy bardziej złożonych strukturach – np. fundacja rodzinna z działalnością dystrybucyjną lub spółka korzystająca z IP Box – czas reakcji musi być dłuższy.

Sprawdź, czy Twoja firma jest gotowa. Poniżej lista kontrolna:

  • System ERP obsługuje format FA(3) i jest zintegrowany z bramką KSeF
  • Pracownicy działu księgowego przeszli szkolenie z nowych procedur wystawiania faktur
  • Umowy z dostawcami IT zawierają klauzule aktualizacji do wymogów regulacyjnych
  • Przeprowadzono audyt faktur wystawionych po 1 kwietnia 2026 r. pod kątem zgodności
  • Opracowano procedurę awaryjną na wypadek niedostępności systemu KSeF

Konkretna sytuacja Państwa firmy może różnić się od opisanej powyżej. Ceny transferowe, struktura holdingowa, korzystanie z ulgi IP Box – każdy z tych elementów zmienia profil ryzyka i wymaga indywidualnej oceny. Brak wdrożenia KSeF w terminie zamyka drogę do spokojnego rozliczenia VAT i może mieć nieodwracalne skutki dla relacji z kontrahentami.

Jeśli Państwa spółka nie zakończyła jeszcze integracji z KSeF lub potrzebuje oceny ryzyka przed kontrolą KAS – przeprowadzimy audyt gotowości, wyliczymy ekspozycję i zaproponujemy harmonogram działań: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Od kiedy faktycznie grożą kary za brak KSeF?

O: Kary za wystawienie faktury poza Krajowym Systemem e-Faktur wchodzą w życie 1 stycznia 2027 roku. Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez większość podatników VAT obowiązuje jednak od 1 kwietnia 2026 roku. Faktury wystawione niezgodnie z wymogami od tej daty będą widoczne w systemie jako naruszenia – organ podatkowy będzie miał do nich dostęp w razie kontroli od początku 2027 roku.

P: Czy brak KSeF wpływa na możliwość zaliczenia faktur do kosztów uzyskania przychodu?

O: To jeden z najczęstszych błędów w ocenie ryzyka KSeF. Artykuł 15 ustęp 1 ustawy o CIT pozwala na odliczenie kosztów poniesionych w celu uzyskania przychodu. Jednak faktura wystawiona poza KSeF może zostać zakwestionowana przez KAS jako nieprawidłowy dokument źródłowy. Ryzyko dotyczy zarówno wystawcy faktury, jak i jej odbiorcy – który może stracić prawo do odliczenia VAT naliczonego.

P: Czy małe firmy są zwolnione z KSeF?

O: Podatnicy VAT z miesięcznym przychodem poniżej PLN 10 000 są zwolnieni z obowiązku KSeF do 1 stycznia 2027 roku. Po tej dacie obowiązek obejmuje praktycznie wszystkich czynnych podatników VAT. Firmy korzystające ze zwolnienia podmiotowego z VAT nie wystawiają faktur VAT, więc KSeF ich nie dotyczy – ale warto to potwierdzić z doradcą podatkowym, ponieważ granice zwolnienia mogą się zmieniać.

O kancelarii: KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, wdrożeń KSeF, kontroli KAS oraz sporów podatkowych przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.