Firma produkcyjna z Mazowsza otrzymuje pismo z Krajowej Administracji Skarbowej. Termin kontroli – za 7 dni. W szufladzie brakuje połowy dokumentacji kosztowej za ostatnie dwa lata. Tak zaczyna się większość spraw, które trafiają do naszej kancelarii.

Kontrola KAS to postępowanie, w którym Krajowa Administracja Skarbowa weryfikuje prawidłowość rozliczeń podatkowych podatnika – przede wszystkim VAT, CIT i cen transferowych. Organy KAS mogą kontrolować okres do 5 lat wstecz. Kary za nieprawidłowości sięgają wielokrotności zaległości podatkowej, a odpowiedzialność może dotknąć zarząd osobiście na podstawie art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej.

Ten materiał wyjaśnia: czego spodziewać się w trakcie kontroli, kto jest szczególnie narażony w 2026 roku oraz jakie działania podjąć natychmiast – zanim pojawi się kontroler.

Kogo KAS kontroluje w 2026 roku i dlaczego właśnie teraz?

KAS nie działa losowo. Urząd Skarbowy i Urząd Celno-Skarbowy typują podatników na podstawie analizy ryzyka – algorytmów porównujących dane JPK_VAT, JPK_CIT, deklaracje CIT-8 i informacje z CRBR. W 2026 roku trzy grupy są pod szczególną obserwacją.

Pierwsza to podatnicy VAT z obrotami powyżej 200 mln PLN, którzy od 1 lutego 2026 r. mają obowiązek wystawiania faktur przez KSeF. Każda rozbieżność między danymi w KSeF a JPK_VAT generuje automatyczny sygnał dla KAS. Druga grupa to spółki korzystające z IP Box – preferencyjnej stawki 5% na dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej na podstawie art. 24d–24s ustawy o CIT. KAS weryfikuje, czy dokumentacja nexus jest kompletna i czy działalność badawczo-rozwojowa faktycznie spełnia ustawowe kryteria.

Trzecia grupa to podmioty powiązane z transakcjami przekraczającymi progi dokumentacyjne cen transferowych. Brak lokalnego pliku cen transferowych (local file) lub niekompletna analiza porównawcza to jeden z najczęstszych powodów wszczęcia kontroli. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – termin na sporządzenie dokumentacji upływa wraz z terminem złożenia zeznania CIT-8, czyli zazwyczaj 31 marca.

Fundacje rodzinne zarejestrowane po maju 2023 r. również trafiają na radarKAS. Organ weryfikuje, czy działalność fundacji mieści się w katalogu dozwolonym przez ustawę o fundacji rodzinnej i czy zwolnienie z CIT jest stosowane prawidłowo.

Jak przebiega kontrola KAS – etapy i prawa podatnika?

Kontrola KAS może przybrać dwie formy: kontrolę podatkową prowadzoną przez naczelnika urzędu skarbowego albo kontrolę celno-skarbową prowadzoną przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. Ta druga jest znacznie bardziej rygorystyczna – nie wymaga uprzedniego zawiadomienia i może trwać do 3 miesięcy, z możliwością przedłużenia.

Standardowa kontrola podatkowa przebiega w kilku etapach. Najpierw podatnik otrzymuje zawiadomienie – ma co najmniej 7 dni na przygotowanie. Następnie kontrolerzy żądają dokumentów: ksiąg rachunkowych, umów, faktur, korespondencji z kontrahentami. W przypadku cen transferowych – dokumentacji lokalnej i grupowej. Potem następuje analiza i ewentualne pytania wyjaśniające. Kontrola kończy się protokołem, do którego podatnik ma prawo wnieść zastrzeżenia w ciągu 14 dni.

Prawa podatnika w trakcie kontroli są konkretne. Możesz żądać okazania legitymacji służbowej i upoważnienia do kontroli. Masz prawo do obecności doradcy podatkowego lub adwokata podczas każdej czynności. Możesz wnioskować o przedłużenie terminu na dostarczenie dokumentów – zazwyczaj o 7–14 dni. Nie musisz odpowiadać na pytania bez konsultacji z pełnomocnikiem.

Dla spółek z udziałem inwestorów zagranicznych – na przykład z Niemiec lub USA – warto pamiętać, że polskie organy podatkowe mogą korzystać z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania przy weryfikacji rozliczeń transgranicznych. Szczegóły dotyczące polsko-holenderskiej umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz polsko-amerykańskiej umowy podatkowej opisujemy osobno – oba dokumenty mają bezpośrednie znaczenie przy kontroli rozliczeń z podmiotami powiązanymi.

Co zrobić natychmiast – lista działań przed kontrolą

Utracona szansa to nie tylko zaległa zaległość podatkowa. To odsetki za zwłokę (obecnie 14,5% w skali roku), ryzyko sankcji VAT do 30% kwoty zaniżenia oraz – w skrajnych przypadkach – odpowiedzialność karna skarbowa. Działanie z wyprzedzeniem zamyka tę drogę.

Poniżej lista działań, które każdy podatnik powinien podjąć przed ewentualną kontrolą:

  • Przegląd dokumentacji kosztowej – sprawdź, czy wszystkie koszty ujęte w CIT mają podstawę w art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, czyli czy są faktycznie poniesione w celu osiągnięcia przychodu lub zabezpieczenia jego źródła.
  • Weryfikacja plików JPK – porównaj dane JPK_VAT z ewidencją VAT i deklaracjami. Każda rozbieżność powinna być wyjaśniona przed kontrolą, nie w jej trakcie.
  • Dokumentacja cen transferowych – sprawdź, czy transakcje z podmiotami powiązanymi mają kompletny local file i analizę porównawczą za ostatni rok podatkowy.
  • Gotowość na KSeF – podatnicy VAT powinni upewnić się, że system ERP obsługuje schemat FA(3) i że faktury wystawiane przez KSeF są zgodne z danymi w JPK_VAT.
  • Wyznaczenie pełnomocnika – wskaż doradcę podatkowego lub adwokata jako osobę upoważnioną do kontaktu z KAS. Brak pełnomocnika w pierwszych godzinach kontroli to najczęstszy błąd taktyczny.

Spółka z branży IT z Krakowa, obsługiwana przez naszą kancelarię wiosną 2025 r., uniknęła zakwestionowania odliczenia IP Box właśnie dlatego, że dokumentacja nexus była przygotowana na 6 miesięcy przed kontrolą. Kontrolerzy zamknęli sprawę bez zastrzeżeń w ciągu 3 tygodni.

Warto też pamiętać, że przy transakcjach dotyczących nieruchomości KAS coraz częściej weryfikuje aspekty środowiskowe i historię prawną gruntu. Przy due diligence nieruchomości komercyjnych pomocne są nasze materiały o environmental due diligence dla polskich nieruchomości.

Konkretna sytuacja Państwa spółki – profil transakcji, branża, powiązania kapitałowe – determinuje, które obszary są najbardziej narażone na zakwestionowanie przez KAS. Pominięcie tego kroku przed kontrolą może zamknąć drogę do skutecznej obrony stanowiska podatkowego.

Jeśli Państwa spółka otrzymała zawiadomienie o kontroli lub chcą Państwo przeprowadzić przegląd dokumentacji przed ewentualną kontrolą KAS – przeprowadzimy analizę ryzyka, przygotujemy dokumentację i zapewnimy obecność pełnomocnika: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Jak długo może trwać kontrola KAS i czy można ją skrócić?

O: Kontrola podatkowa co do zasady nie powinna przekraczać terminów określonych w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej – dla małych firm to 12 dni roboczych, dla średnich 18, dla dużych 24. Kontrola celno-skarbowa trwa do 3 miesięcy z możliwością przedłużenia. Sprawna współpraca podatnika i szybkie dostarczanie dokumentów realnie skraca czas postępowania.

P: Czy doradca podatkowy może uczestniczyć w kontroli od pierwszego dnia?

O: Tak – podatnik ma prawo do obecności pełnomocnika (doradcy podatkowego, adwokata lub radcy prawnego) podczas każdej czynności kontrolnej. Pełnomocnictwo powinno być złożone w urzędzie przed lub najpóźniej w dniu rozpoczęcia kontroli. Brak pełnomocnika w pierwszych godzinach to częsty błąd, który utrudnia późniejszą obronę.

P: Czy korzystanie z IP Box lub fundacji rodzinnej zwiększa ryzyko kontroli KAS?

O: Preferencje podatkowe takie jak IP Box (stawka 5% na podstawie artykułu 24d ustawy o CIT) czy zwolnienie z CIT dla fundacji rodzinnej są obszarami, które KAS weryfikuje ze szczególną uwagą. Nie oznacza to automatycznej kontroli, ale wymaga kompletnej dokumentacji – ewidencji IP Box, dokumentacji nexus oraz zgodności działalności fundacji z katalogiem ustawowym. Podatnik, który nie może przedstawić dokumentacji na żądanie, ryzykuje zakwestionowaniem całej preferencji za kontrolowany rok.

O kancelarii: KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS i sporów z organami podatkowymi. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Autor: Katarzyna Janowska kieruje praktyką podatkową KORDECKI & Partners. Przez dziewięć lat pracowała w dziale podatkowym firmy Big Four. Specjalizuje się w doradztwie CIT/PIT/VAT, wdrożeniach KSeF, JPK_CIT, Pillar Two, IP Box, cenach transferowych, kontrolach KAS oraz sporach podatkowych przed WSA i NSA. Utworzyła osiem fundacji rodzinnych od wejścia ustawy w życie w maju 2023 r.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.