Kontrola KAS – czego się spodziewać i jak się

Firma produkcyjna z Mazowsza otrzymuje zawiadomienie o wszczęciu kontroli podatkowej. Termin – za 7 dni. Prezes spółki pyta: co teraz? Gdzie są faktury z 2022 roku? Czy koszty podróży służbowych były prawidłowo udokumentowane? Odpowiedzi na te pytania powinny być gotowe zanim kontroler KAS przekroczy próg biura.

Krajowa Administracja Skarbowa prowadzi kontrole podatkowe i celno-skarbowe na podstawie ustawy o KAS oraz Ordynacji podatkowej. Organ może badać prawidłowość rozliczeń CIT według stawki 19 procent (artykuł 19 ustęp 1 ustawy o CIT), odliczenia VAT oraz koszty uzyskania przychodu (artykuł 15 ustęp 1 ustawy o CIT). Kontrola celno-skarbowa może trwać do 3 miesięcy, z możliwością przedłużenia.

Ten przewodnik prowadzi przez każdy etap kontroli KAS – od zawiadomienia po protokół końcowy. Omawia typowe obszary ryzyka, trzy scenariusze biznesowe i konkretne kroki, które zmniejszają ekspozycję podatkową.

Jak wygląda procedura kontroli KAS krok po kroku?

Kontrola KAS nie zaczyna się w dniu wizyty urzędnika. Organ analizuje dane z JPK_VAT, JPK_CIT oraz systemu STIR na długo przed formalnym wszczęciem. Kiedy analiza ryzyka wskazuje nieprawidłowości, KAS kieruje sprawę do kontroli podatkowej lub – w poważniejszych przypadkach – celno-skarbowej. Ta różnica ma istotne znaczenie praktyczne.

Kontrola podatkowa (urzędu skarbowego) wszczynana jest zawiadomieniem. Podatnik ma co najmniej 7 dni na przygotowanie. Kontrola celno-skarbowa może być wszczęta bez uprzedzenia – upoważnienie doręcza się bezpośrednio przy pierwszej czynności. KAS i naczelnik urzędu celno-skarbowego to dwa różne organy z różnymi uprawnieniami.

Etapy standardowej procedury:

Zawiadomienie lub doręczenie upoważnienia do kontroli
Wszczęcie – okazanie legitymacji, podpisanie protokołu wszczęcia
Czynności kontrolne – żądanie dokumentów, przesłuchania, oględziny
Protokół kontroli – podatnik ma 14 dni na zastrzeżenia
Wynik kontroli lub decyzja podatkowa

W praktyce – wiele firm o tym zapomina – termin 14 dni na zastrzeżenia do protokołu to jedyna formalna szansa na zakwestionowanie ustaleń przed wydaniem decyzji. Pominięcie tego etapu utrudnia późniejsze odwołanie do dyrektora izby administracji skarbowej.

Jakie obszary najczęściej bada KAS?

KAS koncentruje się na obszarach generujących największe ryzyko uszczuplenia podatku. Nie chodzi wyłącznie o oczywiste błędy w deklaracjach. Organ coraz częściej weryfikuje transakcje powiązane, struktury IP Box oraz dokumentację kosztową.

Trzy scenariusze biznesowe ilustrują zakres zainteresowania organu.

Scenariusz 1 – producent przemysłowy (Mazowsze, wiosna 2025). Spółka produkcyjna odliczyła koszty leasingu maszyn jako koszty uzyskania przychodu (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT). KAS zakwestionowała część faktur z uwagi na brak związku z przychodem. Korekta zobowiązania: kilkaset tysięcy złotych plus odsetki.

Scenariusz 2 – firma IT (Małopolska, jesień 2024). Spółka stosowała preferencyjną stawkę 5 procent IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT). Organ stwierdził brak wyodrębnionej ewidencji kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Efekt: utrata prawa do ulgi za cały rok podatkowy.

Scenariusz 3 – inwestor zagraniczny. Niemiecka spółka matka dokonywała transakcji z polską córką. Dokumentacja cen transferowych była niekompletna. KAS wszczęła kontrolę celno-skarbową bez uprzedzenia. Postępowanie trwało ponad 12 miesięcy.

Obszary najczęściej kontrolowane przez KAS:

Odliczenia VAT i faktury od podmiotów powiązanych
Koszty uzyskania przychodu – szczególnie usługi niematerialne
Ceny transferowe przy transakcjach powyżej progów ustawowych
Ulgi podatkowe: IP Box, B+R, ulga na ekspansję
Prawidłowość wystawiania faktur (wkrótce: obowiązek KSeF od 1 kwietnia 2026 r.)

Wdrożenie KSeF od 1 kwietnia 2026 r. zmieni sposób weryfikacji faktur przez KAS. Organ uzyska dostęp do danych w czasie rzeczywistym. Spółki, które nie zakończą integracji systemów ERP z platformą KSeF, narażają się na podwójne ryzyko: sankcje za brak faktury ustrukturyzowanej oraz automatyczne wykrycie rozbieżności podczas kontroli.

Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest przeprowadzenie wewnętrznego audytu dokumentacji przed wszczęciem kontroli, a nie dopiero po otrzymaniu zawiadomienia. Każdy miesiąc zwłoki zwiększa zakres potencjalnych korekt.

Zagadnienie KSeF dotyczy również spółek działających w innych krajach regionu. Warto zapoznać się z harmonogramem KSeF dla firm w Rumunii, aby zrozumieć szerszy kontekst cyfryzacji fakturowania w Europie Środkowej.

Jak przygotować spółkę do kontroli KAS?

Przygotowanie do kontroli KAS to nie jednorazowe działanie przed wizytą urzędnika. To ciągły proces utrzymywania dokumentacji w stanie gotowości. Spółki, które traktują compliance podatkowy jako projekt, a nie rutynę, tracą tę gotowość po kilku miesiącach.

Lista kontrolna – co przygotować:

Pełna dokumentacja transakcji z podmiotami powiązanymi (ceny transferowe)
Ewidencja kwalifikowanych praw IP dla spółek stosujących IP Box
Faktury zakupowe z opisem związku kosztu z przychodem
Polityka rachunkowości i regulaminy wewnętrzne

Organ ma prawo żądać dokumentów za 5 lat wstecz. Przedawnienie zobowiązania podatkowego następuje po 5 latach od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku. To oznacza, że kontrola wszczęta w 2026 roku może obejmować rozliczenia z 2021 roku.

W praktyce – i to jest błąd, który obserwujemy regularnie – spółki przechowują faktury, ale nie przechowują korespondencji potwierdzającej wykonanie usługi. Sama faktura bez dowodu wykonania świadczenia to za mało. KAS coraz częściej żąda maili, raportów, protokołów odbioru.

Kwestie nieruchomości komercyjnych i ich klasyfikacji podatkowej bywają osobnym obszarem kontroli. Zmiany definicji budowli w 2025 roku tworzą ryzyko reklasyfikacji dla podatników posiadających obiekty przemysłowe – zagadnienie omawiane szerzej w kontekście certyfikacji BREEAM i LEED w Polsce.

Jakie prawa ma podatnik podczas kontroli KAS?

Podatnik nie jest biernym uczestnikiem kontroli. Ordynacja podatkowa i ustawa o KAS przyznają mu konkretne uprawnienia. Znajomość tych praw często decyduje o wyniku postępowania.

Podstawowe prawa podatnika w trakcie kontroli:

Prawo do czynnego udziału w każdej czynności kontrolnej
Prawo do złożenia zastrzeżeń do protokołu w terminie 14 dni
Prawo do pełnomocnika (doradca podatkowy, adwokat, radca prawny)
Prawo do żądania uzasadnienia każdego żądania dokumentów

Pełnomocnik powinien być ustanowiony możliwie wcześnie – najlepiej przed pierwszą czynnością kontrolną. Kontroler ma obowiązek doręczyć pełnomocnikowi wszystkie pisma. Brak pełnomocnika oznacza, że każde pismo doręczone bezpośrednio spółce uruchamia bieg terminów procesowych.

Ważna kwestia dotyczy przesłuchań. Pracownicy spółki mogą być przesłuchiwani jako świadkowie. Mają prawo odmówić zeznań w zakresie, w jakim naruszałoby to tajemnicę zawodową lub groziłoby odpowiedzialnością karną. Zarząd powinien wcześniej omówić z pełnomocnikiem zakres informacji, które mogą być przekazywane kontrolerom.

Odpowiedzialność osobista członków zarządu za zaległości podatkowe spółki wynika z art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej. Jeśli egzekucja z majątku spółki okaże się bezskuteczna, KAS może skierować postępowanie bezpośrednio przeciwko członkom zarządu. To ryzyko nieodwracalne – dlatego właściwe przygotowanie do kontroli chroni nie tylko spółkę, ale i osoby nią kierujące.

Warto też pamiętać o kontekście fundacji rodzinnej jako narzędzia ochrony majątku. Spółki posiadające fundację rodzinną jako wspólnika powinny upewnić się, że dokumentacja transakcji między fundacją a spółką jest kompletna. KAS coraz częściej weryfikuje przepływy w takich strukturach.

Często zadawane pytania

P: Jak długo może trwać kontrola celno-skarbowa KAS?

O: Kontrola celno-skarbowa trwa co do zasady 3 miesiące od dnia jej wszczęcia. Organ może ją przedłużyć, jeśli sprawa jest szczególnie skomplikowana – każde przedłużenie wymaga pisemnego uzasadnienia. W praktyce postępowania dotyczące cen transferowych lub strukturyzowanych schematów podatkowych trwają często ponad 12 miesięcy łącznie z postępowaniem pokontrolnym.

P: Czy KAS może wszcząć kontrolę bez uprzedzenia?

O: Tak – kontrola celno-skarbowa może być wszczęta bez wcześniejszego zawiadomienia. Upoważnienie doręcza się podatnikowi bezpośrednio przy pierwszej czynności. Kontrola podatkowa (urzędu skarbowego) wymaga natomiast zawiadomienia z minimum 7-dniowym wyprzedzeniem. Rozróżnienie między tymi dwoma trybami ma istotne znaczenie dla strategii obrony podatnika. Częstym błędem jest przekonanie, że każda kontrola poprzedzona jest zawiadomieniem – to nieprawda.

P: Ile kosztuje wsparcie doradcy podatkowego podczas kontroli KAS?

O: Koszt obsługi kontroli przez doradcę podatkowego lub radcę prawnego zależy od złożoności sprawy i czasu trwania postępowania. Przy prostych kontrolach VAT koszt obsługi zaczyna się od kilku tysięcy złotych. Przy wielomiesięcznych postępowaniach dotyczących cen transferowych lub IP Box koszt może przekroczyć kilkadziesiąt tysięcy złotych. Porównując te kwoty z potencjalną korektą zobowiązania i odsetkami za zwłokę – które mogą sięgać setek tysięcy złotych – inwestycja w profesjonalne doradztwo zwraca się wielokrotnie.

Jeśli Państwa spółka korzysta z ulg IP Box, stosuje ceny transferowe lub integruje systemy z KSeF, warto zapoznać się z implikacjami KSeF dla firm działających w regionie, aby ocenić ryzyko w szerszym kontekście.

Konkretna sytuacja Państwa firmy – zakres kontrolowanych lat, przedmiot weryfikacji, skomplikowanie struktury – wymaga indywidualnej oceny. Zaniechanie działań przed otrzymaniem protokołu zamyka drogę do wielu mechanizmów ochrony. Skutki ustaleń KAS są często nieodwracalne na etapie decyzji podatkowej.

Jeśli Państwa spółka prowadzi rozliczenia CIT, stosuje ulgi podatkowe lub przygotowuje się do wdrożenia KSeF – przeprowadzimy przegląd dokumentacji, ocenimy obszary ryzyka i wesprzemy Państwa podczas kontroli: info@kordeckipartners.com.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS i postępowań przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Nota o autorze

Katarzyna Janowska kieruje praktyką podatkową KORDECKI & Partners. Przez dziewięć lat pracowała w dziale podatkowym firmy Big Four. Specjalizuje się w doradztwie CIT/PIT/VAT, wdrożeniach KSeF, JPK_CIT, Pillar Two, IP Box, cenach transferowych, kontrolach KAS oraz sporach podatkowych przed WSA i NSA. Utworzyła osiem fundacji rodzinnych od wejścia ustawy w życie w maju 2023 r.