Firma produkcyjna z Mazowsza otrzymuje pismo z Krajowej Administracji Skarbowej. Termin kontroli – za 7 dni. Dokumentacja rozrzucona w trzech systemach. Ceny transferowe nieudokumentowane od dwóch lat. Doradca podatkowy nie był angażowany od kwartału. W takiej sytuacji każdy tydzień bezczynności zamienia potencjalną korektę w realną odpowiedzialność osobistą zarządu.

Kontrola KAS to sformalizowane postępowanie sprawdzające prawidłowość rozliczeń podatkowych – przede wszystkim VAT, CIT i cen transferowych. Krajowa Administracja Skarbowa (KAS) dysponuje szerokim wachlarzem instrumentów: od czynności sprawdzających po kontrolę celno-skarbową. Termin na złożenie zastrzeżeń do protokołu kontroli wynosi 14 dni od jego doręczenia – i jest to jeden z najważniejszych terminów w całej procedurze.

Ten przewodnik pokazuje krok po kroku, jak przebiega kontrola KAS, czego się spodziewać na każdym etapie i jak przygotować spółkę – zanim pojawi się zawiadomienie. Omawiamy trzy scenariusze biznesowe (producent, spółka IT, inwestor zagraniczny), wskazujemy najczęstsze błędy i odpowiadamy na pytania, które klienci zadają najczęściej.

Jak przebiega kontrola KAS krok po kroku?

Kontrola KAS nie zaczyna się od wizyty inspektorów. Zaczyna się od analizy danych – JPK_VAT, raportów STIR, informacji z CRBR oraz danych z KRS. KAS ma dostęp do krzyżowych zestawień transakcji między podmiotami powiązanymi. Zanim firma otrzyma zawiadomienie, urząd wie już znacznie więcej, niż przedsiębiorca przypuszcza.

Procedura ma kilka faz. Po pierwsze – zawiadomienie o kontroli (co do zasady minimum 7 dni przed jej wszczęciem). Po drugie – wszczęcie kontroli i żądanie dokumentów. Po trzecie – czynności kontrolne, przesłuchania, oględziny. Po czwarte – protokół pokontrolny. Po piąte – zastrzeżenia podatnika (14 dni). Po szóste – ewentualna decyzja podatkowa.

W praktyce – wiele firm o tym zapomina – zawiadomienie nie zawsze poprzedza kontrolę celno-skarbową. Ten szczególny tryb, prowadzony przez Naczelników Urzędów Celno-Skarbowych (UCS), może być wszczęty bez uprzedzenia. To istotna różnica względem standardowej kontroli podatkowej prowadzonej przez naczelnika urzędu skarbowego.

Czas trwania standardowej kontroli podatkowej jest limitowany. Dla mikroprzedsiębiorców wynosi 12 roboczych dni. Dla małych przedsiębiorców – 18 dni. Dla pozostałych – 48 dni. Kontrola celno-skarbowa nie podlega tym ograniczeniom i może trwać znacznie dłużej – nawet kilkanaście miesięcy w sprawach dotyczących cen transferowych lub VAT karuzelowego.

Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest zaangażowanie doradcy podatkowego już na etapie zawiadomienia – nie po doręczeniu protokołu. Każde złożone wyjaśnienie i każdy przekazany dokument staje się częścią akt postępowania. Błędy popełnione w pierwszych dniach kontroli są trudne do odwrócenia przed WSA czy NSA.

Czego KAS szuka najczęściej – i jakie obszary są pod lupą?

KAS koncentruje się na obszarach o najwyższym ryzyku fiskalnym. Trzy kategorie dominują w praktyce: rozliczenia VAT (w tym odliczenia podatku naliczonego i transakcje z podmiotami z rajów podatkowych), ceny transferowe oraz koszty uzyskania przychodu w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o CIT. Każda z tych kategorii ma własną logikę ryzyka i własne dokumenty, których brak natychmiast przyciąga uwagę inspektorów.

W obszarze VAT KAS weryfikuje przede wszystkim prawo do odliczenia podatku naliczonego. Kontrolerzy sprawdzają, czy kontrahent był zarejestrowanym podatnikiem VAT w momencie transakcji, czy faktura dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze i czy spółka dochowała należytej staranności. Od 2026 roku dodatkowym punktem kontrolnym staje się prawidłowość rozliczeń transgranicznych, w tym zgodność z umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania.

Ceny transferowe to drugi kluczowy obszar. Podmioty powiązane są zobowiązane do dokumentowania transakcji na warunkach rynkowych. Brak lokalnej dokumentacji cen transferowych dla transakcji powyżej progów ustawowych (np. 10 mln PLN dla transakcji towarowych) to jeden z najczęstszych błędów wykrywanych przez KAS. Kara za brak dokumentacji może sięgać 50% doszacowanego dochodu.

Trzeci obszar to preferencje podatkowe: IP Box (stawka 5% na dochód z kwalifikowanych praw własności intelektualnej na podstawie art. 24d–24s ustawy o CIT), ulga B+R, estoński CIT (art. 28j ustawy o CIT). KAS coraz częściej kwestionuje prawidłowość stosowania tych preferencji – szczególnie gdy brakuje ewidencji projektowej lub gdy spółka nie potrafi wykazać nexus między prawem IP a kwalifikowanym dochodem. Warto też śledzić wpływ globalnego podatku minimalnego Pillar Two na grupy kapitałowe obecne w Polsce.

Compliance w zakresie AML to kolejny punkt, który pojawia się coraz częściej przy okazji kontroli KAS – zwłaszcza gdy spółka prowadzi transakcje gotówkowe lub współpracuje z kontrahentami z krajów wysokiego ryzyka. Szczegółowe omówienie obowiązków AML dla polskich spółek wyjaśnia, jak te obszary się przenikają.

Jak przygotować spółkę przed kontrolą KAS?

Przygotowanie do kontroli KAS nie jest jednorazowym projektem. To ciągły proces zarządzania dokumentacją i ryzykiem podatkowym. Firmy, które traktują compliance podatkowy jako rutynowy obowiązek, a nie jako reakcję na zawiadomienie, przechodzą kontrole znacznie sprawniej – i z mniejszymi korektami.

Co konkretnie warto sprawdzić przed kontrolą? Oto lista kluczowych obszarów:

  • Dokumentacja cen transferowych – aktualna lokalna dokumentacja (Local File) i, jeśli dotyczy, Master File dla każdego roku podatkowego objętego ewentualną kontrolą
  • Ewidencja JPK – kompletność i spójność plików JPK_VAT, JPK_CIT (od 2025 r. dla dużych podatników) oraz JPK_KR
  • Faktury i weryfikacja kontrahentów – białe listy VAT, potwierdzenia rejestracji kontrahentów, dokumentacja należytej staranności
  • Dokumentacja IP Box / ulgi B+R – ewidencja projektowa, umowy z pracownikami, wyodrębnienie kosztów kwalifikowanych
  • Przygotowanie KSeF – zgodność systemu ERP z formatem FA(3); obowiązek wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 r. dla ogółu podatników VAT (art. 106na ustawy o VAT)

Trzy scenariusze pokazują, jak różnie wygląda przygotowanie w zależności od profilu firmy. Producent z branży automotive z Górnego Śląska skupi się na dokumentacji cen transferowych dla transakcji z centralą w Niemczech. Spółka IT z Krakowa – na ewidencji IP Box i nexus dla każdego oprogramowania. Zagraniczny inwestor wchodzący na rynek polski – na prawidłowej kwalifikacji podatkowej spółki holdingowej i rozliczeniu dywidend z uwzględnieniem umów o unikaniu podwójnego opodatkowania.

Dobrą praktyką jest przeprowadzenie wewnętrznego audytu podatkowego – tzw. tax health check – co najmniej raz w roku. Taki audyt powinien obejmować weryfikację rozliczeń VAT za ostatnie 5 lat (tyle wynosi standardowy okres przedawnienia zobowiązań podatkowych), dokumentację cen transferowych oraz prawidłowość stosowanych preferencji. Wynik audytu pozwala zarządowi ocenić, czy ryzyko odpowiedzialności na podstawie art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej jest pod kontrolą.

Jakie błędy popełniają firmy podczas kontroli KAS?

Błędy popełniane podczas kontroli KAS mają trzy źródła: brak dokumentacji, nieprawidłowa komunikacja z inspektorami i zbyt późne zaangażowanie doradcy. Każde z tych źródeł generuje inne ryzyko – i każde można wyeliminować zawczasu.

Błąd pierwszy: przekazywanie dokumentów bez uprzedniej analizy. Firma z branży e-commerce z Trójmiasta przekazała kontrolerom pełną bazę danych sprzedażowych – w tym dane, które nie były objęte żądaniem. Efekt: inspektorzy rozszerzyli zakres kontroli o kolejne okresy rozliczeniowe. Zasada jest prosta – odpowiadaj na żądanie, nie więcej.

Błąd drugi: ustne wyjaśnienia bez protokołu. Każde wyjaśnienie złożone inspektorowi powinno być potwierdzone na piśmie lub złożone do protokołu. Ustne deklaracje nie chronią podatnika – mogą natomiast zostać przywołane w uzasadnieniu decyzji w sposób niekorzystny dla spółki.

Błąd trzeci: ignorowanie terminu 14 dni na zastrzeżenia do protokołu. To jedyna okazja, by formalnie zakwestionować ustalenia kontroli przed wydaniem decyzji. Firmy, które ten termin przegapiają lub składają zastrzeżenia zbyt ogólne, tracą możliwość skutecznej obrony przed WSA. Termin jest nieprzywracalny.

Błąd czwarty: brak pełnomocnictwa dla doradcy podatkowego. Jeśli doradca nie jest formalnie ustanowiony jako pełnomocnik w aktach kontroli, nie ma prawa dostępu do akt ani nie może składać pism. Ustanowienie pełnomocnictwa powinno nastąpić w dniu wszczęcia kontroli – nie tydzień później.

Błąd piąty: mylenie kontroli podatkowej z czynnościami sprawdzającymi. Czynności sprawdzające (art. 272 Ordynacji podatkowej) mają węższy zakres i nie kończą się decyzją podatkową. Kontrola podatkowa – tak. Różnica ma znaczenie dla strategii odpowiedzi i zaangażowania zasobów.

Często zadawane pytania

P: Ile czasu ma KAS na wszczęcie kontroli po złożeniu deklaracji podatkowej?

O: Zobowiązanie podatkowe przedawnia się co do zasady po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Oznacza to, że KAS może wszcząć kontrolę dotyczącą rozliczeń sprzed nawet 5–6 lat. Bieg przedawnienia może zostać zawieszony lub przerwany – na przykład przez wszczęcie postępowania karnego skarbowego. W praktyce kontrole dotyczące cen transferowych obejmują często 3 ostatnie lata podatkowe jednocześnie.

P: Czy firma musi wpuścić inspektorów KAS bez wcześniejszego zawiadomienia?

O: W przypadku standardowej kontroli podatkowej – co do zasady nie. Zawiadomienie powinno poprzedzać wszczęcie kontroli o co najmniej 7 dni. Wyjątkiem jest kontrola celno-skarbowa, która może być wszczęta bez uprzedzenia – i w takim przypadku podatnik jest zobowiązany do umożliwienia przeprowadzenia czynności kontrolnych. Odmowa może skutkować nałożeniem kary porządkowej. W każdym przypadku warto niezwłocznie skontaktować się z doradcą podatkowym, zanim złożone zostaną jakiekolwiek wyjaśnienia.

P: Czy korekta deklaracji złożona w trakcie kontroli chroni przed sankcjami?

O: Złożenie korekty deklaracji VAT lub CIT po wszczęciu kontroli – ale przed jej zakończeniem – jest możliwe, lecz nie eliminuje automatycznie odpowiedzialności karnej skarbowej. Korekta złożona dobrowolnie przed wszczęciem kontroli skutecznie chroni przed odpowiedzialnością i redukuje odsetki. Po wszczęciu kontroli korekta w zakresie objętym kontrolą jest zawieszona do jej zakończenia. To jeden z najczęstszych błędnych przekonań wśród przedsiębiorców – przekonanie, że „złożę korektę i sprawa zniknie" nie sprawdza się po zawiadomieniu KAS.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga oceny dokumentacji i ryzyka zanim pojawi się inspektor. Brak przygotowania w momencie wszczęcia kontroli celno-skarbowej może mieć nieodwracalne skutki dla możliwości obrony przed decyzją podatkową.

Jeśli Państwa spółka nie przeprowadzała tax health check w ostatnich 12 miesiącach lub planuje wdrożenie KSeF, IP Box albo cen transferowych – przeprowadzimy pełny przegląd dokumentacji i opracujemy strategię na wypadek kontroli: info@kordeckipartners.com.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS, wdrożeń KSeF i sporów przed WSA oraz NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.