Na papierze procedura kontrolna wygląda prosto. W praktyce – wiele firm odkrywa, że pierwsza wizyta inspektora KAS ujawnia luki, na które nikt wcześniej nie zwrócił uwagi. Spółka produkcyjna z Małopolski otrzymała w listopadzie 2024 r. upoważnienie do kontroli obejmującej trzy lata rozliczeń VAT i CIT. Termin na przygotowanie dokumentacji? Siedem dni roboczych.

Kontrola Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) to sformalizowane postępowanie weryfikujące prawidłowość rozliczeń podatkowych – VAT, CIT, PIT, cen transferowych i innych zobowiązań. Organy KAS mogą kontrolować podatnika nawet przez 12 miesięcy w przypadku mikroprzedsiębiorców i do 18 miesięcy w pozostałych przypadkach. Brak przygotowania naraża spółkę na zaległości podatkowe, odsetki i – w skrajnych przypadkach – odpowiedzialność osobistą członków zarządu na podstawie art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej.

Ten przewodnik opisuje krok po kroku, jak przebiega kontrola KAS, na co zwracają uwagę inspektorzy, jakie błędy popełniają podatnicy najczęściej i jak skutecznie się przygotować. Omawiamy trzy scenariusze biznesowe – firmę produkcyjną, spółkę IT korzystającą z IP Box oraz zagranicznego inwestora – oraz wskazujemy konkretne terminy i kwoty, które decydują o wyniku kontroli.

Jak wygląda procedura kontroli KAS krok po kroku?

Kontrola KAS formalnie rozpoczyna się od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej. Dokument ten wskazuje zakres kontroli, okres objęty weryfikacją oraz imiona inspektorów. Podatnik ma prawo wglądu w legitymacje służbowe i upoważnienie – powinien z tego prawa skorzystać od razu. Naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego jest organem wszczynającym postępowanie, a decyzja o wszczęciu wpływa do akt sprawy w KRS podatnika.

Po doręczeniu upoważnienia inspektorzy przystępują do czynności kontrolnych. Najczęściej obejmują one: analizę ksiąg rachunkowych, weryfikację faktur zakupowych i sprzedażowych, przegląd umów z kontrahentami oraz przesłuchania pracowników. W sprawach dotyczących cen transferowych inspektorzy żądają lokalnej dokumentacji (Local File) i analizy porównawczej. Termin na jej przedłożenie to zazwyczaj 7 dni roboczych od wezwania.

Czas trwania kontroli jest ograniczony. Dla mikroprzedsiębiorcy wynosi 12 dni roboczych, dla małego przedsiębiorcy – 18 dni, dla pozostałych – do 48 dni. Kontrola celno-skarbowa rządzi się nieco innymi zasadami – może trwać do 3 miesięcy z możliwością przedłużenia. W praktyce oznacza to, że spółka musi przez ten czas utrzymywać stały kontakt z pełnomocnikiem i reagować na żądania inspektorów w ciągu 24–48 godzin.

Po zakończeniu czynności kontrolnych inspektorzy sporządzają protokół. Podatnik ma 14 dni na wniesienie zastrzeżeń do protokołu. To jeden z najważniejszych momentów całej procedury. Zastrzeżenia złożone w terminie mogą skutkować korektą ustaleń lub zmianą kwalifikacji prawnej transakcji. Pominięcie tego etapu zamyka drogę do wielu argumentów w późniejszym postępowaniu odwoławczym.

Czego szukają inspektorzy KAS – na które obszary zwracają uwagę?

KAS koncentruje swoje działania na obszarach generujących największe ryzyko uszczuplenia dochodów budżetowych. Pierwszym z nich jest VAT – w szczególności prawo do odliczenia podatku naliczonego, rzetelność faktur zakupowych i prawidłowość stosowania stawek. Inspektorzy weryfikują, czy kontrahent widniejący na fakturze faktycznie wykonał usługę. Puste faktury to nadal jeden z głównych powodów wszczynania kontroli przez KAS.

Drugim obszarem są koszty uzyskania przychodu w CIT. Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, za koszty podatkowe uznaje się wydatki poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia ich źródła. Inspektorzy kwestionują wydatki, które nie mają bezpośredniego związku z działalnością, oraz koszty reprezentacji zaklasyfikowane błędnie jako reklama.

Trzecim obszarem – coraz częściej objętym kontrolą – są ceny transferowe. Spółki powiązane kapitałowo lub osobowo muszą dokumentować transakcje z podmiotami powiązanymi. Progi obowiązkowej dokumentacji wynoszą od 2 mln PLN (transakcje finansowe) do 10 mln PLN (transakcje towarowe) rocznie. Przekroczenie tych progów bez kompletnej dokumentacji to niemal pewna korekta.

Czwartym obszarem jest IP Box. Spółki IT korzystające z preferencyjnej stawki 5% CIT na podstawie art. 24d–24s ustawy o CIT muszą prowadzić odrębną ewidencję kwalifikowanego prawa własności intelektualnej. Inspektorzy sprawdzają, czy ewidencja ta była prowadzona na bieżąco przez cały rok podatkowy, a nie stworzona tuż przed kontrolą. Wsteczne uzupełnianie ewidencji IP Box jest jednym z najczęstszych błędów w branży technologicznej.

Trzy scenariusze biznesowe – jak się przygotować w zależności od profilu firmy?

Przygotowanie do kontroli KAS wygląda inaczej w zależności od profilu działalności. Poniżej trzy scenariusze, które najczęściej pojawiają się w naszej praktyce.

Firma produkcyjna. Spółka z branży metalowej z Górnego Śląska, zatrudniająca 120 pracowników, w lutym 2025 r. otrzymała zawiadomienie o kontroli obejmującej rozliczenia VAT za lata 2022–2024. Główne ryzyko: odliczenie VAT od zakupów materiałów od dostawców, których KAS zakwestionowała jako nierzetelnych. Przygotowanie polegało na zebraniu dokumentacji potwierdzającej należytą staranność – wydruków z białej listy podatników VAT, potwierdzeń weryfikacji kontrahentów w CEIDG i KRS oraz korespondencji handlowej. Efekt: inspektorzy nie zakwestionowali żadnej transakcji z udokumentowaną weryfikacją kontrahenta.

Spółka IT z IP Box. Firma programistyczna z Warszawy korzystała z 5% stawki CIT na podstawie przepisów o IP Box. Kontrola w marcu 2025 r. skupiła się na ewidencji kwalifikowanych praw IP i powiązaniu konkretnych kosztów z konkretnymi projektami. Spółka miała prowadzoną na bieżąco ewidencję w systemie CRM. Inspektor zaakceptował dokumentację. Dla zagranicznego inwestora wchodzącego na rynek polski kluczowym ryzykiem jest natomiast zakwestionowanie cen transferowych przy transakcjach z podmiotem macierzystym – bez Local File w języku polskim spółka zależna jest bezbronna.

Zagraniczny inwestor. Dla spółki córki funduszu z Niemiec najważniejsze jest przygotowanie dokumentacji cen transferowych i potwierdzenie, że umowy z podmiotem powiązanym odzwierciedlają warunki rynkowe. Inspektorzy KAS coraz częściej sięgają po porównanie marż z bazami danych (Orbis, TP Catalyst). Brak analizy porównawczej to ryzyko narzucenia przez organ własnej wyceny transakcji.

We wszystkich trzech scenariuszach wspólnym elementem jest jedno: dokumentacja musi być kompletna przed wszczęciem kontroli, nie w jej trakcie. Warto pamiętać, że JPK_CIT wprowadza nowe obowiązki ewidencyjne, które inspektorzy będą weryfikować jako pierwszy punkt kontroli.

Jakie błędy popełniają podatnicy najczęściej i jak ich uniknąć?

Błąd pierwszy – brak pełnomocnika w dniu pierwszej czynności kontrolnej. Wielu przedsiębiorców zakłada, że inspektor przyjedzie, przejrzy dokumenty i wyjdzie. W praktyce pierwsze przesłuchanie pracownika lub pierwsze żądanie wydania dokumentów może przesądzić o kierunku całej kontroli. Pełnomocnik – doradca podatkowy lub adwokat – powinien być obecny od pierwszej minuty. Jego nieobecność w kluczowym momencie jest nieodwracalna.

Błąd drugi – odpowiadanie na pytania inspektorów bez uprzedniej analizy. Pracownicy księgowości często udzielają wyjaśnień spontanicznie, nie zdając sobie sprawy z konsekwencji. Jedno zdanie o tym, że „faktura była wystawiona z opóźnieniem, ale tak się zdarza" może stać się podstawą do zakwestionowania całej transakcji. Zasada jest prosta: żadnych wyjaśnień bez konsultacji z pełnomocnikiem.

Błąd trzeci – niedotrzymanie terminu na zastrzeżenia do protokołu. Termin 14 dni na wniesienie zastrzeżeń jest prekluzyjny. Jego przekroczenie oznacza, że argumenty podniesione po terminie mają znacznie mniejszą wagę w postępowaniu odwoławczym przed WSA lub NSA. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – zastrzeżenia składane są po terminie lub nie są składane wcale.

Błąd czwarty – brak weryfikacji kontrahentów na białej liście VAT. Od 2020 r. płatności na rachunki spoza białej listy powyżej 15 000 PLN nie stanowią kosztu uzyskania przychodu i pozbawiają prawa do odliczenia VAT. Inspektorzy weryfikują ten element rutynowo. Koszt zaniedbania to nie tylko utracone odliczenia – to również odsetki za zaległość podatkową naliczane od daty wymagalności.

Błąd piąty – nieuwzględnienie KSeF w przygotowaniu do kontroli. Od 1 kwietnia 2026 r. wszyscy podatnicy VAT będą zobowiązani do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w formacie FA(3) na podstawie art. 106na ustawy o VAT. Inspektorzy KAS będą mieli bezpośredni dostęp do danych KSeF. Spółki, które nie wdrożyły systemu, narażają się na kary – choć sankcje zaczną obowiązywać od 1 stycznia 2027 r.

Poniżej lista kontrolna przed kontrolą KAS:

  • Komplet dokumentacji kontrahentów – wydruki z białej listy VAT, KRS, CEIDG z daty transakcji
  • Ewidencja IP Box prowadzona na bieżąco (jeśli spółka korzysta z preferencji)
  • Lokalna dokumentacja cen transferowych gotowa do przedłożenia w 7 dni
  • Procedura wewnętrzna na wypadek kontroli – kto kontaktuje się z inspektorem, kto powiadamia pełnomocnika
  • Weryfikacja zgodności z JPK_VAT i przyszłymi wymogami KSeF

Konkretna sytuacja Państwa firmy może wymagać działań pilnych. Jeśli spółka działa w branży o podwyższonym ryzyku kontrolnym – usługi finansowe, budownictwo, handel hurtowy – weryfikacja dokumentacji powinna nastąpić przed otrzymaniem upoważnienia, nie po. Nieodwracalne skutki zaległości podatkowych narastają od dnia wymagalności zobowiązania.

Jeśli Państwa spółka otrzymała upoważnienie do kontroli lub chce przeprowadzić audyt prewencyjny – przeprowadzimy analizę ryzyka, przegląd dokumentacji i będziemy reprezentować Państwa przed inspektorami KAS: info@kordeckipartners.com.

Jak wygląda postępowanie po zakończeniu kontroli KAS?

Protokół kontroli to dokument, który otwiera kolejny etap. Jeśli inspektorzy stwierdzili nieprawidłowości, organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe. Na tym etapie podatnik ma prawo do czynnego udziału w postępowaniu – może składać wnioski dowodowe, przeglądać akta i wypowiadać się co do zebranych dowodów. Standardowy termin na wydanie decyzji podatkowej wynosi 3 miesiące od wszczęcia postępowania, choć w sprawach skomplikowanych jest przedłużany.

Decyzja organu pierwszej instancji – naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celno-skarbowego – może zostać zaskarżona do organu drugiej instancji. W przypadku naczelnika urzędu skarbowego jest to dyrektor izby administracji skarbowej. Termin na odwołanie wynosi 14 dni od doręczenia decyzji. To kolejny termin prekluzyjny, którego przekroczenie zamyka drogę do odwołania administracyjnego.

Jeśli decyzja organu drugiej instancji jest niekorzystna, podatnik może skierować sprawę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA). Skargę wnosi się w terminie 30 dni od doręczenia decyzji. W sprawach podatkowych o znacznej wartości – powyżej kilkuset tysięcy złotych – warto rozważyć, czy nie skorzystać z mediacji przed eskalacją do WSA. W niektórych przypadkach mediacja w sporach gospodarczych może być szybszym rozwiązaniem niż wieloletni spór sądowy.

Koszty sporu podatkowego rosną z każdym etapem. Wpis od skargi do WSA wynosi 1% wartości sporu (minimum 100 PLN, maksimum 100 000 PLN). Koszty pełnomocnictwa procesowego, ekspertyz i tłumaczeń mogą znacząco podwyższyć łączny koszt obrony. Dlatego inwestycja w prewencję – audyt dokumentacji przed kontrolą – jest ekonomicznie uzasadniona już przy zaległości podatkowej przekraczającej 50 000 PLN.

Fundacja rodzinna, jako podmiot podlegający CIT na zasadach szczególnych, jest traktowana przez KAS jako obszar podwyższonego ryzyka. Inspektorzy weryfikują, czy dochody zwolnione z CIT (dywidendy, odsetki, przychody z nieruchomości) nie są mieszane z działalnością wykraczającą poza dozwolony zakres. Błędna kwalifikacja przychodu fundacji może skutkować opodatkowaniem stawką sankcyjną 25% zamiast standardowego zwolnienia.

Często zadawane pytania

P: Ile czasu ma KAS na przeprowadzenie kontroli podatkowej?

O: Czas trwania kontroli podatkowej jest limitowany przepisami ustawy o swobodzie działalności gospodarczej i Prawa przedsiębiorców. Dla mikroprzedsiębiorcy wynosi 12 dni roboczych, dla małego przedsiębiorcy – 18 dni, dla średniego – 24 dni, a dla pozostałych podatników – 48 dni roboczych. Kontrola celno-skarbowa może trwać do 3 miesięcy z możliwością przedłużenia. Przekroczenie tych terminów przez organ daje podatnikowi argument w postępowaniu odwoławczym, choć samo w sobie nie powoduje nieważności ustaleń.

P: Czy można odmówić wydania dokumentów inspektorowi KAS?

O: Odmowa wydania dokumentów żądanych przez inspektora KAS w toku kontroli jest co do zasady niedopuszczalna i grozi nałożeniem kary porządkowej. Wyjątkiem są dokumenty objęte tajemnicą adwokacką lub radcowską – tu pełnomocnik ma prawo odmówić ich wydania. W praktyce warto każde żądanie inspektora dokumentować na piśmie i konsultować z doradcą podatkowym przed wykonaniem. Czas na odpowiedź to zwykle 7 dni roboczych od wezwania.

P: Czy kontrola KAS zawsze kończy się zaległością podatkową?

O: Nie. Znacząca część kontroli kończy się bez ustaleń negatywnych dla podatnika lub z zalecanymi korektami o niewielkiej wartości. Wynik kontroli zależy przede wszystkim od jakości dokumentacji i przygotowania podatnika. Firmy, które przed kontrolą przeprowadziły wewnętrzny audyt podatkowy, weryfikowały kontrahentów na białej liście VAT i prowadziły kompletną ewidencję kosztów zgodnie z artykułem 15 ustęp 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, statystycznie kończą kontrolę z mniejszą liczbą zastrzeżeń. Obecność doradcy podatkowego od pierwszego dnia kontroli jest jednym z najskuteczniejszych narzędzi ochrony.

Konkretna dokumentacja, którą Państwa spółka powinna posiadać przed kontrolą KAS, zależy od branży, struktury transakcji i historii rozliczeń. Każde zaniedbanie wykryte przez inspektora – zamiast przez Państwa doradcę – ma nieodwracalne konsekwencje w postaci odsetek i ewentualnych sankcji. Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest audyt prewencyjny niż reakcja po wszczęciu kontroli.

Jeśli Państwa spółka planuje audyt podatkowy przed kontrolą KAS lub już otrzymała upoważnienie do kontroli – przeprowadzimy przegląd dokumentacji, ocenimy ryzyko w obszarach VAT, CIT i cen transferowych oraz będziemy reprezentować Państwa przed organami KAS na każdym etapie: info@kordeckipartners.com.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS i sporów z organami podatkowymi. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

O autorze

Katarzyna Janowska kieruje praktyką podatkową KORDECKI & Partners. Przez dziewięć lat pracowała w dziale podatkowym firmy Big Four. Specjalizuje się w doradztwie CIT/PIT/VAT, wdrożeniach KSeF, JPK_CIT, Pillar Two, IP Box, cenach transferowych, kontrolach KAS oraz sporach podatkowych przed WSA i NSA. Utworzyła osiem fundacji rodzinnych od wejścia ustawy w życie w maju 2023 r.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.