Firma z branży IT z Mazowsza otrzymała zawiadomienie o kontroli KAS w piątek po południu. W poniedziałek rano kontrolerzy zjawili się w siedzibie spółki. Zarząd nie wiedział, od czego zacząć – dokumentacja była rozproszona, pełnomocnictwo dla doradcy podatkowego nie obejmowało postępowań kontrolnych, a prezes odebrał telefon od głównej księgowej z pytaniem: „Co teraz robimy?"

Kontrola Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) to postępowanie, w którym organ weryfikuje prawidłowość rozliczeń podatkowych podatnika – w szczególności CIT, VAT oraz cen transferowych. Kontrola może objąć ostatnie 5 lat podatkowych. Kary za nieprawidłowości mogą sięgać 720 stawek dziennych grzywny lub odpowiedzialności karnoskarbowej członków zarządu.

Ten alert wyjaśnia, czego spodziewać się na każdym etapie kontroli KAS, kto jest szczególnie narażony oraz jakie działania podjąć natychmiast – zanim kontrolerzy przekroczą próg Państwa siedziby.

Kogo KAS kontroluje najczęściej i dlaczego właśnie teraz?

KAS nie wybiera podatników losowo. Krajowa Administracja Skarbowa dysponuje systemem analizy ryzyka, który krzyżuje dane z JPK_VAT, JPK_CIT, rejestrów KRS oraz informacji o transakcjach z podmiotami powiązanymi. Wynik tej analizy przekłada się bezpośrednio na plan kontroli. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – samo złożenie korekty deklaracji może uruchomić procedurę weryfikacyjną.

Szczególnie narażone są trzy grupy podmiotów. Po pierwsze, spółki korzystające z preferencji podatkowych: IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT), estońskiego CIT (art. 28j ustawy o CIT) lub fundacji rodzinnej. Po drugie, podmioty z transakcjami z podmiotami powiązanymi przekraczającymi progi dokumentacyjne dla cen transferowych. Po trzecie, podatnicy VAT z wysokim wskaźnikiem odliczeń lub częstymi zwrotami.

Od 2025 roku KAS intensyfikuje kontrole w obszarze nowych definicji budynku i budowli dla celów podatku od nieruchomości. Reklasyfikacja majątku może oznaczać zaległości za kilka lat wstecz. Więcej o tym ryzyku piszemy w artykule Podatek od nieruchomości – nowe definicje od 2025 roku.

Warto też pamiętać, że zbliżający się obowiązek KSeF – wynikający z art. 106na ustawy o VAT, obowiązujący od 1 kwietnia 2026 r. – sprawia, iż KAS zyskuje dostęp do danych fakturowych w czasie rzeczywistym. Każda rozbieżność między fakturą ustrukturyzowaną a deklaracją VAT będzie widoczna natychmiast. To zmienia charakter kontroli: z reaktywnej staje się prewencyjna.

Jak przebiega kontrola KAS – etapy, terminy i Twoje prawa?

Kontrola celno-skarbowa jest wszczynana z urzędu i – co istotne – nie wymaga uprzedniego zawiadomienia podatnika. Kontrolerzy mogą pojawić się bez zapowiedzi, legitymując się upoważnieniem do przeprowadzenia kontroli. Od chwili doręczenia upoważnienia biegnie 7-dniowy termin na złożenie pełnomocnictwa szczególnego dla doradcy podatkowego lub adwokata.

Kontrola celno-skarbowa trwa co do zasady nie dłużej niż 3 miesiące. Organ może jednak przedłużyć ten termin, jeżeli sprawa jest szczególnie skomplikowana. W praktyce postępowania dotyczące cen transferowych lub rozliczeń grupowych ciągną się znacznie dłużej. Po zakończeniu kontroli organ wydaje wynik kontroli – podatnik ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń.

Na każdym etapie podatnik ma prawo do czynnego udziału w postępowaniu. Oznacza to dostęp do akt, możliwość składania wyjaśnień i dowodów oraz prawo do zastępstwa przez pełnomocnika. Pominięcie tych uprawnień przez organ może stanowić podstawę do uchylenia decyzji przez WSA lub NSA.

  • Dzień 0 – doręczenie upoważnienia do kontroli; sprawdź zakres i okres objęty kontrolą
  • Dzień 1–7 – złóż pełnomocnictwo szczególne dla doradcy; zabezpiecz dokumentację
  • Do 14 dni od wyniku – złóż zastrzeżenia do wyniku kontroli, jeśli kwestionujesz ustalenia
  • 30 dni – termin na złożenie korekty deklaracji po zakończeniu kontroli (z obniżoną sankcją VAT)

Spółki korzystające z IP Box powinny mieć szczególną uwagę. KAS weryfikuje, czy ewidencja IP spełnia wymogi art. 24e ustawy o CIT. Brak właściwej ewidencji skutkuje utratą prawa do stawki 5% za cały okres objęty kontrolą. Szczegóły dotyczące struktury IP w spółce technologicznej omawia nasz materiał na stronie IP & Tech – usługi dla spółek technologicznych.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga oceny przed wszczęciem kontroli, nie w jej trakcie. Brak przygotowania zamyka drogę do skutecznej obrony – część dowodów traci moc procesową, jeśli nie zostaną zabezpieczone we właściwym czasie.

Jeśli Państwa spółka działa w obszarze cen transferowych, IP Box lub fundacji rodzinnej i nie przeprowadzała przeglądu dokumentacji podatkowej w ostatnich 12 miesiącach – przeprowadzimy audyt ryzyka kontrolnego i przygotujemy plan działań: info@kordeckipartners.com.

Co zrobić natychmiast – lista kontrolna przed i w trakcie kontroli KAS

Przygotowanie do kontroli KAS nie zaczyna się w dniu doręczenia upoważnienia. Spółka produkcyjna z Dolnego Śląska, której kontrolerzy KAS pojawili się latem 2024 r., uniknęła zakwestionowania kosztów uzyskania przychodu (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT) wyłącznie dlatego, że rok wcześniej przeprowadziła wewnętrzny przegląd dokumentacji. Zaległości mogłyby wynieść kilkaset tysięcy złotych.

Inny przypadek – spółka z branży e-commerce z Małopolski, wiosna 2025 r. – zakończył się zakwestionowaniem odliczenia VAT na kwotę przekraczającą 300 000 zł. Powodem był brak dowodów na rzeczywiste wykonanie usług przez podwykonawcę. Dokumentacja istniała, lecz nie była skompletowana w sposób umożliwiający szybkie przedstawienie kontrolerom.

Poniżej lista działań, które powinny być wdrożone niezależnie od tego, czy kontrola już trwa:

  • Zweryfikuj, czy pełnomocnictwo szczególne dla doradcy podatkowego obejmuje postępowania kontrolne KAS
  • Skompletuj dokumentację cen transferowych za ostatnie 3 lata – progi: PLN 10 mln dla transakcji towarowych, PLN 2 mln dla usług
  • Sprawdź ewidencję IP Box pod kątem wymogów art. 24e ustawy o CIT – każdy projekt osobno
  • Upewnij się, że faktury kosztowe mają potwierdzenie rzeczywistego wykonania usługi (protokoły, korespondencja, raporty)
  • Oceń, czy Państwa spółka jest gotowa na KSeF – rozbieżności w danych fakturowych będą pierwszym sygnałem dla KAS

Stawka CIT wynosi 19% (art. 19 ust. 1 ustawy o CIT), a dla małych podatników – 9% (art. 19 ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT). Każde zakwestionowanie kosztów lub odliczenia przez KAS przekłada się bezpośrednio na dopłatę podatku wraz z odsetkami za zwłokę – obecnie 14,5% w skali roku. Do tego dochodzi ryzyko sankcji VAT w wysokości 30% lub 100% kwoty zaniżenia.

Konkretna sytuacja Państwa firmy – szczególnie jeśli korzystacie z preferencji podatkowych lub prowadzicie transakcje z podmiotami powiązanymi – wymaga indywidualnej oceny. Brak przeglądu dokumentacji przed kontrolą to nieodwracalna utrata możliwości korekty bez sankcji.

Jeśli Państwa spółka nie przeprowadzała przeglądu podatkowego w ostatnich 12 miesiącach lub właśnie otrzymała zawiadomienie o kontroli KAS – skontaktuj się z nami natychmiast: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy KAS musi zawiadomić podatnika przed kontrolą?

O: W przypadku kontroli celno-skarbowej organ nie ma obowiązku uprzedniego zawiadomienia. Kontrolerzy mogą pojawić się w siedzibie spółki bezpośrednio po doręczeniu upoważnienia. Inaczej jest w przypadku kontroli podatkowej prowadzonej przez naczelnika urzędu skarbowego – tam co do zasady obowiązuje 7-dniowe uprzedzenie. Warto znać tę różnicę, bo wpływa ona na czas, jaki masz na przygotowanie dokumentacji i ustanowienie pełnomocnika.

P: Jakie są najczęstsze obszary zakwestionowane przez KAS w 2025 roku?

O: KAS koncentruje się na czterech obszarach: dokumentacja cen transferowych (transakcje z podmiotami powiązanymi powyżej progów ustawowych), prawidłowość stosowania preferencji IP Box i estońskiego CIT, odliczenia VAT przy usługach niematerialnych oraz nowe definicje budynku i budowli dla podatku od nieruchomości. Spółki z fundacją rodzinną są coraz częściej weryfikowane pod kątem prawidłowości struktury i rozliczeń z beneficjentami.

P: Ile kosztuje przygotowanie do kontroli KAS i czy warto to robić prewencyjnie?

O: Koszt audytu prewencyjnego zależy od wielkości spółki i liczby obszarów ryzyka – zwykle mieści się w przedziale od kilku do kilkudziesięciu tysięcy złotych. Dla porównania: zakwestionowanie odliczenia VAT na poziomie 500 000 zł oznacza sankcję 30%, czyli 150 000 zł, plus odsetki. Doradca podatkowy Warszawa lub Kraków przeprowadzi przegląd dokumentacji szybciej, jeśli spółka ma uprzednio skatalogowane zasoby dowodowe. Prewencja jest wielokrotnie tańsza niż obrona w trakcie kontroli.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do postępowań kontrolnych KAS, sporów podatkowych przed WSA i NSA oraz wdrożeń KSeF i cen transferowych. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.