Kontrola KAS – czego się spodziewać i jak się

Firma produkcyjna z Mazowsza dostaje pismo z Krajowej Administracji Skarbowej. Termin wszczęcia kontroli – za 7 dni. Dyrektor finansowy pyta: co teraz? W praktyce – wiele firm o tym zapomina – kontrola KAS to nie wyrok, lecz procedura. Procedura, w której przygotowanie decyduje o wyniku.

Kontrola Krajowej Administracji Skarbowej (KAS) przebiega według ściśle określonych etapów: upoważnienie do przeprowadzenia kontroli, czynności weryfikacyjne, protokół i rozstrzygnięcie. Organ ma prawo badać rozliczenia podatkowe za okresy nieobjęte przedawnieniem – co do zasady 5 lat wstecz od końca roku, w którym upłynął termin zapłaty podatku. Kary i zaległości z odsetkami mogą sięgać wielokrotności pierwotnego zobowiązania, jeśli podatnik nie zadba o dokumentację z wyprzedzeniem.

Poniższy przewodnik omawia cztery obszary: przebieg postępowania krok po kroku, najczęstsze pola kontroli (w tym KSeF, ceny transferowe i IP Box), typowe błędy podatników oraz to, jak przygotować firmę zanim kontroler pojawi się w progu. Trzy scenariusze biznesowe – producent, spółka IT i inwestor zagraniczny – ilustrują, gdzie ryzyko jest największe.

Jak przebiega kontrola KAS krok po kroku?

Kontrola podatkowa KAS zaczyna się od doręczenia upoważnienia. Dokument wskazuje kontrolowany podmiot, zakres przedmiotowy i okres objęty kontrolą. Podatnik ma prawo wglądu do legitymacji służbowej kontrolerów – i powinien z tego prawa korzystać każdorazowo. KAS działa na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej oraz ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej z 2016 roku.

Po doręczeniu upoważnienia kontrolerzy mogą żądać dokumentów w terminie wskazanym w wezwaniu – zazwyczaj 7 dni. Podatnik ma prawo uczestniczyć w czynnościach osobiście lub przez pełnomocnika. Ustanowienie pełnomocnika podatkowego na etapie wszczęcia kontroli to jedna z najważniejszych decyzji, jakie zarząd podejmuje w tej fazie. Brak pełnomocnika oznacza, że każde oświadczenie pracownika może być wykorzystane przeciwko spółce.

Czynności kontrolne trwają do czasu sporządzenia protokołu. Podatnik ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń do protokołu. To okno jest krótkie, ale strategiczne – zastrzeżenia złożone w tym terminie wchodzą do akt sprawy i mogą zmienić jej bieg. Po upływie terminu organ wydaje wyniki kontroli lub kieruje sprawę do postępowania podatkowego.

Postępowanie podatkowe kończy się decyzją. Od decyzji organu pierwszej instancji przysługuje odwołanie w terminie 14 dni. Dalej – skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA), a następnie skarga kasacyjna do Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA). Łączny czas sporu sądowo-administracyjnego to często 3–5 lat. Warto o tym pamiętać, kalkulując koszty sporu.

Jakie obszary sprawdza KAS najczęściej?

KAS koncentruje kontrole na kilku stałych obszarach wysokiego ryzyka. Pierwszym jest rozliczenie VAT – w szczególności prawidłowość odliczeń, rzetelność JPK_VAT oraz – od 2026 roku – zgodność z wymogami KSeF. Zgodnie z art. 106na ustawy o VAT, obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w systemie KSeF obejmuje wszystkich podatników VAT od 1 kwietnia 2026 roku. Błędy w strukturze faktury FA(3) mogą skutkować zakwestionowaniem odliczenia po stronie nabywcy.

Drugi obszar to ceny transferowe. Spółki powiązane kapitałowo lub osobowo muszą dokumentować transakcje według zasady arm's length. KAS weryfikuje, czy ceny stosowane między podmiotami powiązanymi odpowiadają warunkom rynkowym. Brak dokumentacji cen transferowych lub dokumentacja niekompletna to jeden z najczęstszych powodów wszczęcia kontroli w grupach kapitałowych. Spółka z Trójmiasta z branży logistycznej – jesienią 2024 roku – zapłaciła szacunkowo kilkaset tysięcy złotych zaległości właśnie z tego tytułu.

Trzeci obszar to preferencje podatkowe: IP Box, ulga B+R, estońskie CIT. KAS szczegółowo weryfikuje, czy podatnik faktycznie spełnia warunki do stosowania stawki 5% z IP Box przewidzianej w art. 24d–24s ustawy o CIT. Organy kwestionują ewidencję kosztów kwalifikowanych, brak wyodrębnionego rachunku IP oraz nieprawidłowe kwalifikowanie przychodów jako „kwalifikowany dochód z kwalifikowanych praw własności intelektualnej".

Czwarty obszar to korekty historyczne i transakcje restrukturyzacyjne. Fuzje, podziały, aporty – każda operacja restrukturyzacyjna generuje ryzyko podatkowe. Organy badają, czy nie doszło do niedozwolonej optymalizacji. Warto wiedzieć, że KAS coraz częściej łączy kontrolę podatkową z czynnościami sprawdzającymi prowadzonymi przez Urząd Kontroli Skarbowej (UKS) oraz z danymi z CRBR.

Spółka IT z Krakowa – wiosną 2025 roku – przeszła kontrolę w zakresie IP Box. Organ zakwestionował brak szczegółowej ewidencji prac badawczo-rozwojowych. Ostatecznie podatnik wygrał w WSA, ale procedura trwała 18 miesięcy i kosztowała firmę znaczące nakłady na obsługę prawną i podatkową.

Doradztwo podatkowe dla firm w Polsce – KORDECKI & Partners obejmuje reprezentację w toku kontroli KAS, przygotowanie dokumentacji cen transferowych oraz wdrożenia KSeF.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga oceny pod kątem aktualnego zakresu kontroli i zebranej dokumentacji. Brak reakcji na wezwanie KAS w terminie jest nieodwracalny – organ traktuje milczenie jako brak dowodów.

Jeśli Państwa spółka otrzymała upoważnienie do kontroli lub wezwanie KAS – przeprowadzimy analizę zakresu, ustanowimy pełnomocnika i przygotujemy odpowiedź w terminie: info@kordeckipartners.com.

Jakie błędy popełniają podatnicy podczas kontroli KAS?

Pierwszy i najpoważniejszy błąd to brak pełnomocnika na etapie wszczęcia kontroli. Pracownicy – nawet doświadczeni – nie są przygotowani do rozmów z kontrolerami. Każde nieformalne oświadczenie może zostać wciągnięte do protokołu. Pełnomocnik podatkowy lub doradca podatkowy z Warszawy powinien uczestniczyć w pierwszym kontakcie z organem.

Drugi błąd to niekompletna dokumentacja kosztów uzyskania przychodów. Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, kosztami podatkowymi są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. Organ weryfikuje, czy każdy koszt ma potwierdzenie w postaci faktury, umowy i dowodu faktycznego wykonania usługi. Sama faktura bez dowodu wykonania – to za mało.

Trzeci błąd to zbyt szerokie udostępnianie dokumentów. Podatnik jest zobowiązany udostępnić dokumenty wskazane w wezwaniu – nie wszystkie, jakie posiada. Przekazanie dokumentów wykraczających poza zakres wezwania może otworzyć nowe wątki kontrolne. Zasada minimalizacji zakresu udostępnianych materiałów obowiązuje przez cały czas trwania kontroli.

Czwarty błąd to zaniechanie złożenia zastrzeżeń do protokołu. Wielu podatników traktuje protokół jako formalność. Tymczasem niezłożenie zastrzeżeń w terminie 14 dni oznacza, że ustalenia organu wchodzą do decyzji bez formalnej polemiki ze strony podatnika. Zastrzeżenia dobrze sformułowane przez doradcę podatkowego mogą doprowadzić do zmiany protokołu lub przynajmniej stworzyć silną podstawę do odwołania.

Brak pełnomocnika przy pierwszym kontakcie z kontrolerem
Niepełna dokumentacja kosztów – faktury bez dowodów wykonania
Nadmierne udostępnianie dokumentów poza zakres wezwania
Niezłożenie zastrzeżeń do protokołu w terminie 14 dni
Zaniedbanie archiwizacji korespondencji z kontrahentami

Jak przygotować firmę na kontrolę KAS – checklista?

Przygotowanie do kontroli KAS powinno zacząć się na długo przed jej wszczęciem. Organ może badać rozliczenia za 5 lat wstecz, dlatego archiwizacja dokumentacji jest działaniem ciągłym, nie jednorazowym. Standard CIT 19% (art. 19 ust. 1 ustawy o CIT) jest stawką bazową, ale każda preferencja podatkowa wymaga osobnej, szczegółowej dokumentacji.

Pierwszym krokiem jest audyt wewnętrzny rozliczeń podatkowych za ostatnie 3 lata. Należy sprawdzić: poprawność rozliczeń VAT i JPK, kompletność dokumentacji cen transferowych, prawidłowość stosowanych preferencji (IP Box, ulga B+R, estońskie CIT) oraz zgodność fakturowania z wymogami KSeF od 1 kwietnia 2026 roku. Audyt wewnętrzny prowadzony przez niezależnego doradcę podatkowego pozwala wykryć błędy, zanim zrobi to KAS.

Drugim krokiem jest przegląd umów z podmiotami powiązanymi. Każda transakcja powyżej progów ustawowych wymaga dokumentacji cen transferowych. Brak dokumentacji to sankcja w postaci zastosowania przez organ szacunkowej metody ustalenia dochodu – zawsze niekorzystnej dla podatnika. Warto też sprawdzić, czy struktura grupy kapitałowej jest odzwierciedlona w CRBR.

Trzecim krokiem jest przygotowanie procedury reagowania na kontrolę. Procedura powinna wskazywać: kto odbiera upoważnienie, kto niezwłocznie informuje doradcę podatkowego, kto ma dostęp do archiwum dokumentów, jakie dokumenty są przekazywane wyłącznie przez pełnomocnika. Spółka bez takiej procedury traci cenne godziny w pierwszych dniach kontroli.

Przy okazji przygotowania do kontroli warto rozważyć, czy spółka korzysta z optymalnej formy opodatkowania. Zagadnienia związane z kosztami sądowymi w ewentualnym sporze omawia opłaty sądowe w Polsce – obliczanie w sporach gospodarczych – przydatny materiał przy kalkulacji ryzyka sporu z organem.

Audyt wewnętrzny rozliczeń VAT, CIT i JPK za ostatnie 3 lata
Kompletna dokumentacja cen transferowych dla transakcji z podmiotami powiązanymi
Weryfikacja prawidłowości stosowanych preferencji podatkowych (IP Box, B+R)
Gotowość techniczna do wystawiania faktur w KSeF od 1 kwietnia 2026 r.
Pisemna procedura reagowania na wszczęcie kontroli

Trzy scenariusze – producent, spółka IT i inwestor zagraniczny

Każdy typ podatnika staje przed innym profilem ryzyka w toku kontroli KAS. Znajomość tego profilu pozwala koncentrować zasoby tam, gdzie ryzyko jest największe – a nie rozpraszać energii na obszary, które organ rzadko kwestionuje.

Producent z sektora przemysłowego. Firma produkcyjna z Wielkopolski zatrudniająca 200 osób eksportuje towary do kontrahentów z grupy w Niemczech i Czechach. Główne ryzyko to ceny transferowe w transakcjach towarowych oraz prawidłowość rozliczeń VAT przy eksporcie wewnątrzwspólnotowym. KAS weryfikuje stawkę 0% VAT – czy podatnik dysponuje dokumentami potwierdzającymi wywóz towaru. Brak dokumentu CMR lub potwierdzenia odbioru oznacza zakwestionowanie stawki i konieczność zapłaty VAT 23% z odsetkami. Termin przechowywania dokumentów transportowych – minimum 5 lat.

Spółka IT stosująca IP Box. Spółka programistyczna z Wrocławia rozlicza dochody z licencji oprogramowania według stawki 5% IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT). KAS bada: czy spółka prowadzi wyodrębnioną ewidencję kosztów kwalifikowanych, czy faktycznie prowadzi prace badawczo-rozwojowe, czy prawa własności intelektualnej są właściwie skwalifikowane. Najczęstszy błąd: brak ewidencji czasu pracy programistów per projekt. Organ odmawia wtedy preferencji i stosuje stawkę 19% do całości dochodu.

Inwestor zagraniczny. Dla niemieckiego inwestora wchodzącego na rynek polski przez sp. z o.o. kluczowe ryzyka to: ceny transferowe przy finansowaniu wewnątrzgrupowym (pożyczki, poręczenia), prawidłowość poboru podatku u źródła (WHT) od dywidend i odsetek oraz kwestia rzeczywistego miejsca zarządu (place of effective management). KAS może zakwestionować, że spółka polska jest zarządzana faktycznie z zagranicy – co prowadzi do sporów o rezydencję podatkową. Weryfikacja struktury zarządu i protokołów posiedzeń zarządu to minimum przezorności.

Konkretna sytuacja Państwa firmy – niezależnie od sektora i struktury – wymaga oceny profilu ryzyka przed wszczęciem kontroli. Pominięcie audytu prewencyjnego może zamknąć drogę do korekty rozliczeń na warunkach korzystniejszych niż decyzja organu.

Jeśli Państwa spółka należy do grupy kapitałowej, korzysta z IP Box lub planuje wdrożenie KSeF – przeprowadzimy przegląd ryzyka podatkowego, przygotujemy dokumentację cen transferowych i ustanowimy pełnomocnika na wypadek kontroli: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Ile czasu ma KAS na przeprowadzenie kontroli podatkowej?

O: Czas trwania kontroli podatkowej co do zasady nie powinien przekraczać terminów wskazanych w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej – odpowiednio od 12 do 48 dni roboczych w zależności od kategorii przedsiębiorcy (mikro, mały, średni, duży). W praktyce jednak kontrole w zakresie cen transferowych lub rozliczeń za kilka lat podatkowych trwają znacznie dłużej, gdyż organ może przedłużać terminy z uzasadnionych przyczyn. Podatnik powinien monitorować każde postanowienie o przedłużeniu i weryfikować jego podstawę prawną.

P: Czy korekta deklaracji złożona w trakcie kontroli chroni przed sankcją?

O: To częste nieporozumienie. Korekta deklaracji złożona po wszczęciu kontroli podatkowej w zakresie objętym tą kontrolą jest bezskuteczna – Ordynacja podatkowa wprost to przewiduje. Korekta jest możliwa i skuteczna wyłącznie przed doręczeniem upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Dlatego własny audyt podatkowy i ewentualna korekta rozliczeń powinny być przeprowadzone z wyprzedzeniem, zanim organ podejmie czynności. Po doręczeniu upoważnienia pozostaje już tylko postępowanie i obrona przed organem.

P: Czy fundacja rodzinna podlega kontroli KAS?

O: Tak. Fundacja rodzinna jest podatnikiem CIT, choć korzysta ze zwolnienia przedmiotowego na dochody z działalności inwestycyjnej do momentu wypłaty świadczeń beneficjentom. KAS może kontrolować, czy fundacja nie prowadzi działalności wykraczającej poza dozwolony katalog ustawowy, czy prawidłowo nalicza 15% podatku PIT od świadczeń dla beneficjentów oraz czy nie dochodzi do niedozwolonej optymalizacji przez fundację rodzinną. Fundacja zarejestrowana w Sądzie Okręgowym w Piotrkowie Trybunalskim podlega tym samym regułom kontroli co każdy inny podatnik.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS i sporów z organami podatkowymi. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.