Od 1 kwietnia 2026 r. samofakturowanie w Polsce funkcjonuje wyłącznie przez Krajowy System e-Faktur. Firmy, które dotychczas wystawiały faktury w imieniu swoich dostawców w oparciu o umowy papierowe, muszą dostosować procesy do nowych wymogów technicznych i prawnych. Brak dostosowania oznacza faktury wystawione poza KSeF – a te nie wywołują skutków prawnych przewidzianych dla faktur ustrukturyzowanych.

Samofakturowanie w systemie KSeF to procedura, w której nabywca wystawia fakturę w imieniu sprzedawcy bezpośrednio w platformie Ministerstwa Finansów. Obowiązek stosowania KSeF wynika z artykułu 106na ustawy o VAT i obejmuje wszystkich podatników VAT czynnych od 1 kwietnia 2026 roku. Faktury wystawione poza systemem nie będą uznawane za prawidłowe faktury ustrukturyzowane.

Ten alert wyjaśnia, co zmieniło się w procedurze samofakturowania, kogo dotyczą nowe zasady oraz jakie działania należy podjąć przed wejściem w życie obowiązku. Omówiono też najczęstsze pułapki, które mogą skutkować zakwestionowaniem odliczenia VAT przez kontrolę KAS.

Co zmieniło się w samofakturowaniu po wdrożeniu KSeF?

Przed 1 kwietnia 2026 r. samofakturowanie opierało się na umowie między nabywcą a sprzedawcą, zawartej w dowolnej formie. Wystarczyło pisemne porozumienie i procedura akceptacji faktur przez sprzedawcę. Teraz każda faktura musi trafić do KSeF – bez wyjątku dla faktur wystawianych przez nabywcę w imieniu dostawcy.

Zmiana dotyczy przede wszystkim struktury technicznej dokumentu. Faktura samofakturowania musi być zgodna ze schematem FA(3) i zawierać oznaczenie wskazujące, że wystawcą jest nabywca działający w imieniu sprzedawcy. To wymóg systemowy – KSeF weryfikuje dane automatycznie przy przyjęciu dokumentu.

Dotychczasowe umowy samofakturowania nie wygasają automatycznie. Jednak ich treść wymaga przeglądu. Umowa musi teraz precyzować, który podmiot posiada uprawnienia do wystawiania faktur w KSeF w imieniu sprzedawcy. Uprawnienia te nadaje się przez API lub panel MF – bez ich formalnego nadania system odrzuci fakturę. Kontrola KAS może zakwestionować prawo do odliczenia VAT z faktury wystawionej bez właściwego umocowania w systemie.

Podatnicy z obrotem powyżej 200 mln PLN w 2024 r. podlegali obowiązkowi KSeF już od 1 lutego 2026 r. Dla pozostałych podatników VAT czynnych termin to 1 kwietnia 2026 r. Mikroprzedsiębiorcy z miesięcznym obrotem poniżej 10 000 PLN mają odroczenie do 1 stycznia 2027 r. – ale samofakturowanie w relacjach z większymi kontrahentami i tak wymaga dostosowania po ich stronie już teraz.

W praktyce – wiele firm o tym zapomina – uprawnienie do wystawiania faktur w imieniu sprzedawcy musi być nadane przez samego sprzedawcę w systemie KSeF. Nabywca nie może działać samodzielnie. Brak tego kroku blokuje całą procedurę samofakturowania i generuje opóźnienia w rozliczeniach. Warto skonsultować ten aspekt z doradcą podatkowym przed wdrożeniem.

Kogo dotyczą ograniczenia i jakie działania podjąć natychmiast?

Samofakturowanie w KSeF jest dostępne dla każdego podatnika VAT czynnego. Ograniczenia dotyczą jednak kilku kategorii transakcji. Faktury dla konsumentów (B2C), faktury wystawiane przez podatników zwolnionych z VAT oraz faktury RR (rolnicze) podlegają odrębnym przepisom – te ostatnie mają własny tryb w KSeF, wymagający dodatkowej konfiguracji.

Spółki stosujące samofakturowanie w transakcjach wewnątrzgrupowych – np. przy rozliczaniu cen transferowych lub kosztów wspólnych – muszą sprawdzić, czy umowy grupowe spełniają wymogi KSeF. Schemat FA(3) wymaga podania numeru KSeF sprzedawcy jako identyfikatora. W strukturach holdingowych może to wymagać aktualizacji danych w kilku systemach ERP jednocześnie.

Spółka z branży IT z Mazowsza, która w lutym 2026 r. wdrożyła samofakturowanie dla 12 dostawców usług, odkryła, że trzech z nich nie nadało wymaganych uprawnień w KSeF. Faktury wystawione w tym czasie musiały zostać anulowane i wystawione ponownie – co opóźniło rozliczenie o 30 dni i skomplikowało deklarację VAT za luty.

Przedsiębiorstwo produkcyjne z Wielkopolski korzystające z IP Box napotkało inny problem: faktury samofakturowania dokumentujące licencje na oprogramowanie wymagały dodatkowego oznaczenia w schemacie FA(3). Brak tego pola spowodował odrzucenie dokumentów przez system i konieczność renegocjacji umów z dostawcami.

Co należy zrobić teraz – lista kontrolna:

  • Zidentyfikuj wszystkich kontrahentów, z którymi stosujesz samofakturowanie, i zweryfikuj, czy nadali Ci uprawnienia w KSeF.
  • Zaktualizuj umowy samofakturowania – dodaj klauzulę o wystawianiu faktur ustrukturyzowanych w formacie FA(3).
  • Skonfiguruj system ERP lub narzędzie do wystawiania faktur pod schemat FA(3) z oznaczeniem samofakturowania.
  • Sprawdź, czy faktury RR i faktury dla podmiotów zwolnionych z VAT wymagają osobnej ścieżki w Twoim systemie.
  • Przeprowadź test wystawienia faktury w środowisku testowym KSeF przed pierwszą fakturą produkcyjną.

Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest przeprowadzenie audytu umów samofakturowania przez doradcę prawnego przed wystawieniem pierwszej faktury w nowym systemie. Błędy w uprawnieniach lub strukturze dokumentu mogą zamknąć drogę do odliczenia VAT – a to konsekwencja nieodwracalna dla danego okresu rozliczeniowego.

Fundacja rodzinna korzystająca z samofakturowania przy zakupach aktywów inwestycyjnych powinna dodatkowo zweryfikować, czy transakcje te nie generują obowiązków raportowych w zakresie cen transferowych. Schemat FA(3) nie zastępuje dokumentacji cen transferowych – to dwa odrębne obowiązki.

Konkretna sytuacja Państwa firmy może wymagać indywidualnej analizy uprawnień w KSeF, struktury umów z dostawcami oraz konfiguracji systemu fakturowania. Błędne wdrożenie samofakturowania zamyka drogę do odliczenia VAT za dany okres – a korekta może okazać się niemożliwa bez ponownego wystawienia faktur przez sprzedawcę.

Jeśli Państwa spółka stosuje samofakturowanie z więcej niż pięcioma dostawcami lub prowadzi transakcje wewnątrzgrupowe – przeprowadzimy audyt umów, weryfikację uprawnień w KSeF i konfigurację schematu FA(3): info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy dotychczasowa umowa samofakturowania nadal obowiązuje po wdrożeniu KSeF?

O: Umowa nie wygasa automatycznie, ale musi zostać zaktualizowana. Powinna precyzować, że faktury będą wystawiane w formacie FA(3) w systemie KSeF, oraz wskazywać, który podmiot posiada uprawnienia nadane przez sprzedawcę w platformie Ministerstwa Finansów. Umowa bez tych elementów nie zapewnia prawidłowego umocowania do działania w imieniu sprzedawcy.

P: Co grozi za wystawienie faktury samofakturowania poza KSeF po 1 kwietnia 2026 r.?

O: Faktura wystawiona poza systemem KSeF nie jest fakturą ustrukturyzowaną w rozumieniu artykułu 106na ustawy o VAT. Nabywca traci prawo do odliczenia VAT z takiego dokumentu. Kary finansowe za naruszenia KSeF wchodzą w życie od 1 stycznia 2027 roku, ale ryzyko zakwestionowania odliczenia przez kontrolę KAS istnieje już od dnia obowiązku.

P: Czy samofakturowanie jest możliwe w transakcjach z podmiotami zagranicznymi nieposiadającymi polskiego numeru VAT?

O: Faktury wystawiane na rzecz lub w imieniu podmiotów zagranicznych niezarejestrowanych jako polscy podatnicy VAT nie przechodzą przez KSeF w standardowym trybie. Dla takich transakcji stosuje się odrębne zasady – faktura może być wystawiona poza systemem, ale musi spełniać wymogi dyrektywy unijnej o VAT. Doradca podatkowy w Warszawie powinien ocenić każdy taki przypadek indywidualnie.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do wdrożeń KSeF, doradztwa VAT i optymalizacji podatkowej. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.