Spółka produkcyjna z Mazowsza, działająca w branży motoryzacyjnej, od lat wystawiała faktury w imieniu swoich dostawców na podstawie umów samofakturowania. Procedura działała sprawnie – do momentu, gdy w 2026 roku KSeF stał się obowiązkowy. Okazało się, że dotychczasowe umowy i procesy wymagają gruntownej rewizji. Bez odpowiednich zmian spółka ryzykuje wystawianiem faktur poza systemem, co oznacza brak prawa do odliczenia VAT po stronie dostawcy.

Samofakturowanie w systemie KSeF oznacza, że nabywca wystawia fakturę ustrukturyzowaną w imieniu sprzedawcy, działając jako jego reprezentant w systemie. Podstawę prawną stanowi artykuł 106na ustawy o VAT, który nakłada obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem KSeF. Obowiązek ten wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 roku dla zdecydowanej większości podatników VAT zarejestrowanych w Polsce.

Ten alert wyjaśnia, co zmieniło się w zasadach samofakturowania, kogo dotyczą nowe wymogi i jakie działania trzeba podjąć przed 1 kwietnia 2026 roku. Omawia również ograniczenia techniczne i prawne, które mogą zablokować dotychczasowe procesy zakupowe.

Co zmieniło się w samofakturowaniu po wdrożeniu KSeF?

Samofakturowanie funkcjonowało w polskim prawie podatkowym od lat. Nabywca mógł wystawiać faktury w imieniu sprzedawcy na podstawie pisemnej umowy i akceptacji sprzedawcy. KSeF zmienia ten mechanizm fundamentalnie. Faktura musi teraz trafić do systemu Ministerstwa Finansów w formacie FA(3) – i to sprzedawca, nie nabywca, jest jej formalnym wystawcą w rozumieniu systemu.

Kluczowa zmiana dotyczy autoryzacji. W środowisku KSeF nabywca może wystawić fakturę w imieniu sprzedawcy wyłącznie wtedy, gdy sprzedawca udzielił mu stosownego uprawnienia w samym systemie KSeF. Uprawnienie to jest nadawane przez sprzedawcę poprzez jego konto w KSeF – nie wystarczy już sama umowa cywilnoprawna między stronami. Kontrola KAS może zakwestionować faktury wystawione bez takiego uprawnienia systemowego, nawet jeśli umowa samofakturowania istnieje.

Dla przedsiębiorstw z rozbudowanymi łańcuchami dostaw oznacza to konieczność zebrania uprawnień od każdego dostawcy z osobna. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – część dostawców to podmioty zagraniczne niezarejestrowane do VAT w Polsce lub mikroprzedsiębiorcy zwolnieni z obowiązku KSeF do 1 stycznia 2027 roku. Dla tych podmiotów zasady samofakturowania pozostają inne.

Warto też pamiętać o nowych definicjach podatkowych obowiązujących od 2025 roku, które mogą wpłynąć na klasyfikację transakcji i sposób dokumentowania kosztów uzyskania przychodu zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.

Kogo dotyczą ograniczenia i jakie są terminy?

Obowiązek KSeF – a wraz z nim nowe zasady samofakturowania – obejmuje od 1 kwietnia 2026 roku wszystkich podatników VAT zarejestrowanych w Polsce, z wyjątkiem mikroprzedsiębiorców osiągających miesięczne przychody poniżej 10 000 PLN (dla nich termin to 1 stycznia 2027 roku). Podatnicy z obrotem powyżej 200 mln PLN w 2024 roku byli zobowiązani do wdrożenia KSeF już od 1 lutego 2026 roku.

Ograniczenia samofakturowania w KSeF można podzielić na trzy kategorie:

  • Techniczne – nabywca musi posiadać aktywne uprawnienie w systemie KSeF nadane przez sprzedawcę; brak uprawnienia blokuje wystawienie faktury ustrukturyzowanej.
  • Podmiotowe – samofakturowanie w KSeF nie obejmuje podmiotów zagranicznych bez polskiego NIP oraz podatników zwolnionych z obowiązku KSeF.
  • Proceduralne – umowa samofakturowania musi zostać zaktualizowana i uwzględniać tryb nadawania uprawnień w systemie; stare umowy bez tej klauzuli są niewystarczające.

Szczególną uwagę powinny zwrócić firmy stosujące ceny transferowe w transakcjach z podmiotami powiązanymi. Dokumentacja cen transferowych musi być spójna z fakturami ustrukturyzowanymi w KSeF. Rozbieżności między treścią faktury FA(3) a dokumentacją TP mogą stać się przedmiotem kontroli KAS. Stawka CIT wynosi standardowo 19% zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy o CIT – błędy w dokumentowaniu transakcji powiązanych mogą prowadzić do szacowania dochodu przez organ.

Firmy korzystające z preferencji IP Box powinny dodatkowo zadbać o to, by faktury wystawiane w ramach samofakturowania prawidłowo identyfikowały rodzaj świadczenia. Błędna kwalifikacja może podważyć prawo do stosowania 5% stawki CIT na dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.

Co zrobić teraz – lista działań przed 1 kwietnia 2026 roku?

Firma dystrybucyjna z Małopolski, obsługująca kilkuset dostawców krajowych, przeprowadziła audyt umów samofakturowania w grudniu 2025 roku. Okazało się, że ponad 60% umów nie zawierało klauzul dotyczących KSeF, a żaden dostawca nie nadał jeszcze uprawnień systemowych. Wdrożenie zajęło trzy miesiące i wymagało zaangażowania zarówno działu prawnego, jak i IT.

Działania, które Państwa firma powinna podjąć niezwłocznie:

  • Zinwentaryzuj wszystkie umowy samofakturowania i zidentyfikuj dostawców objętych obowiązkiem KSeF.
  • Zaktualizuj umowy o klauzule dotyczące nadawania uprawnień w systemie KSeF oraz trybu postępowania w przypadku awarii systemu.
  • Poproś każdego dostawcę o nadanie uprawnienia do samofakturowania bezpośrednio w systemie KSeF – bez tego kroku wystawienie faktury ustrukturyzowanej jest niemożliwe.
  • Dostosuj systemy ERP do formatu FA(3) i przetestuj integrację z API KSeF przed datą graniczną.
  • Ustal procedurę dla transakcji z podmiotami zagranicznymi i zwolnionymi – dla nich nadal obowiązują faktury poza KSeF.

Jeśli Państwa spółka prowadzi rozliczenia z fundacją rodzinną jako dostawcą lub beneficjentem, zasady samofakturowania wymagają odrębnej analizy – fundacja rodzinna może mieć specyficzny status VAT. Podobnie złożone przypadki mogą pojawić się przy restrukturyzacjach; szczegóły procedur korporacyjnych opisujemy w materiale o likwidacji spółki z o.o.

Doradca podatkowy Warszawa to nie tylko wsparcie przy bieżących rozliczeniach – w przypadku samofakturowania w KSeF rola doradcy obejmuje audyt umów, wdrożenie uprawnień systemowych i przygotowanie procedur awaryjnych. Brak działania przed 1 kwietnia 2026 roku oznacza ryzyko wystawiania faktur poza systemem – a to zamyka drogę do odliczenia VAT i naraża obie strony transakcji na nieodwracalne skutki podatkowe.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga indywidualnej oceny. Brak zaktualizowanych umów i uprawnień systemowych przed 1 kwietnia 2026 roku może nieodwracalnie pozbawić Państwa dostawców prawa do odliczenia VAT z faktur wystawionych w ramach samofakturowania.

Jeśli Państwa spółka stosuje samofakturowanie z co najmniej jednym dostawcą objętym obowiązkiem KSeF – przeprowadzimy audyt umów, wdrożymy klauzule systemowe i przygotujemy procedurę nadawania uprawnień: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy dotychczasowa umowa samofakturowania jest wystarczająca po wdrożeniu KSeF?

O: Nie. Umowa cywilnoprawna między nabywcą a sprzedawcą jest warunkiem koniecznym, ale niewystarczającym. Po 1 kwietnia 2026 roku sprzedawca musi dodatkowo nadać nabywcy uprawnienie do samofakturowania bezpośrednio w systemie KSeF. Bez tego uprawnienia systemowego wystawienie faktury ustrukturyzowanej w imieniu sprzedawcy jest technicznie niemożliwe. Stare umowy wymagają aktualizacji o stosowne klauzule.

P: Jak długo trwa wdrożenie samofakturowania w KSeF i jakie są koszty?

O: Czas wdrożenia zależy od liczby dostawców i stopnia integracji systemów ERP. Dla firmy z kilkudziesięcioma dostawcami proces zajmuje od 4 do 8 tygodni. Koszty obejmują aktualizację umów, integrację techniczną z API KSeF oraz szkolenie pracowników. Opóźnienie wdrożenia po terminie 1 kwietnia 2026 roku generuje ryzyko podatkowe, którego koszty mogą wielokrotnie przewyższyć koszty samego wdrożenia.

P: Czy samofakturowanie w KSeF dotyczy transakcji z podmiotami zagranicznymi?

O: Obowiązek KSeF obejmuje wyłącznie podatników VAT zarejestrowanych w Polsce. Jeśli zagraniczny dostawca nie posiada polskiego numeru NIP i nie jest zarejestrowany do VAT w Polsce, faktura w ramach samofakturowania wystawiana jest poza systemem KSeF – na dotychczasowych zasadach. Należy jednak zadbać o właściwe oznaczenie takiej faktury i jej zgodność z przepisami ustawy o VAT dotyczącymi fakturowania transakcji zagranicznych.

O kancelarii: KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, w tym wdrożeń KSeF, kontroli KAS i sporów podatkowych przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.