Litewska spółka zależna polskiego producenta z Mazowsza – na pozór sytuacja bez związku z KSeF. W praktyce: jeśli ta spółka wystawia faktury polskiemu podmiotowi powiązanemu lub jest zarejestrowana jako podatnik VAT w Polsce, obowiązek korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur dotyczy jej bezpośrednio. Okno na spokojne wdrożenie zamknęło się szybciej, niż wiele firm zdążyło zareagować.

Krajowy System e-Faktur (KSeF) nakłada na podatników VAT zarejestrowanych w Polsce obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych w formacie FA(3). Obowiązek wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 roku dla zdecydowanej większości podatników VAT. Kary za naruszenia obowiązują od 1 stycznia 2027 roku – co daje rok na wdrożenie, ale nie na zwlekanie.

Ten alert wyjaśnia trzy rzeczy: co dokładnie się zmieniło, kogo dotyczy – w tym podmiotów litewskich działających w Polsce – oraz jakie kroki podjąć natychmiast. Podstawa prawna to art. 106na ustawy o VAT. Dla firm z Litwy prowadzących transakcje z polskimi kontrahentami to nie jest temat na później.

Co się zmieniło i kogo dotyczy KSeF?

KSeF to system obowiązkowy – nie opcja, nie dobrowolna platforma. Każdy podmiot zarejestrowany jako czynny podatnik VAT w Polsce musi wystawiać faktury wyłącznie przez ten system, korzystając ze schematu FA(3). Dotyczy to zarówno polskich spółek, jak i zagranicznych podmiotów posiadających polską rejestrację VAT – w tym litewskich przedsiębiorstw z oddziałem lub stałym miejscem prowadzenia działalności w Polsce.

Terminy są twarde. Podatnicy, których obrót w 2024 roku przekroczył 200 mln PLN, muszą stosować KSeF od 1 lutego 2026 roku. Pozostałe podmioty – od 1 kwietnia 2026 roku. Zwolnienie przysługuje jedynie mikroprzedsiębiorcom z miesięcznym przychodem poniżej 10 000 PLN – i to tylko do 1 stycznia 2027 roku. Litewska spółka z polskim numerem VAT, obsługująca kontrakty B2B, niemal na pewno nie mieści się w tym wyjątku.

Warto tu wskazać trzy instytucje, które nadzorują wdrożenie i egzekwowanie: Krajowa Administracja Skarbowa (KAS), Ministerstwo Finansów jako organ wydający interpretacje, oraz Urząd Skarbowy właściwy dla miejsca rejestracji VAT. KRS nie jest tu stroną – ale dla oddziałów spółek zagranicznych rejestracja w KRS wpływa na zakres obowiązków podatkowych.

Dla firm litewskich szczególnie istotne są transakcje wewnątrzgrupowe. Jeśli litewski podmiot fakturuje polską spółkę powiązaną – a ta polska spółka jest podatnikiem VAT – to obowiązek wystawienia faktury przez KSeF spoczywa na stronie polskiej. Jednak litewski dostawca musi wiedzieć, jakiego formatu faktury oczekuje jego polski partner. Brak synchronizacji systemów ERP po obu stronach granicy to jeden z najczęstszych błędów w transakcjach transgranicznych w 2025 roku.

Jakie są konsekwencje braku wdrożenia i co zrobić teraz?

Kary za naruszenie obowiązku KSeF wchodzą w życie 1 stycznia 2027 roku. To nie oznacza, że do tej daty można działać bez przygotowania. Faktura wystawiona poza systemem KSeF po 1 kwietnia 2026 roku jest fakturą wadliwą – kontrahent może odmówić jej przyjęcia, a odliczenie VAT po stronie nabywcy staje się ryzykowne. Nieodwracalna strata: utrata prawa do odliczenia VAT przez polskiego nabywcę to realna konsekwencja już od pierwszego dnia obowiązku.

Firma litewska z polskim VAT, która nie wdroży KSeF na czas, traci nie tylko zgodność z przepisami. Traci też wiarygodność wobec polskich kontrahentów – zwłaszcza tych, którzy sami są pod presją KAS w zakresie poprawności rozliczeń. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – umowy B2B coraz częściej zawierają klauzule wymagające fakturowania przez KSeF.

Co zrobić natychmiast? Poniższa lista obejmuje minimum działań dla podmiotu litewskiego z polską rejestracją VAT:

  • Zweryfikować, czy spółka posiada aktywny numer VAT w Polsce i czy podlega obowiązkowi KSeF od 1 lutego lub 1 kwietnia 2026 r.
  • Ocenić, czy system ERP lub fakturowy obsługuje schemat FA(3) – jeśli nie, zlecić integrację natychmiast (wdrożenia trwają od 6 do 16 tygodni).
  • Uzyskać token autoryzacyjny w systemie KSeF lub wyznaczyć pełnomocnika do działania w systemie w imieniu spółki.
  • Przejrzeć umowy z polskimi kontrahentami pod kątem klauzul dotyczących fakturowania elektronicznego.
  • Skonsultować z doradcą podatkowym w Polsce wpływ KSeF na rozliczenia VAT i ceny transferowe w transakcjach z podmiotami powiązanymi.

Temat cen transferowych pojawia się tu nieprzypadkowo. KSeF generuje dane, które KAS może analizować automatycznie – w tym dane o transakcjach z podmiotami powiązanymi. Firmy litewskie z polskimi spółkami córkami powinny upewnić się, że ich dokumentacja cen transferowych jest aktualna i spójna z danymi, które trafią do systemu. Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, koszty uzyskania przychodu muszą być prawidłowo udokumentowane – a KSeF staje się jednym z kluczowych źródeł tej dokumentacji.

Dla porównania: podobne wyzwania dotyczą firm litewskich działających w innych krajach regionu. Więcej o analogicznym obowiązku w innym państwie sąsiednim można przeczytać w analizie co KSeF oznacza dla firm działających na Słowacji. Kontekst polsko-litewski – w tym kwestie restrukturyzacji transgranicznej – omawia natomiast osobny materiał dotyczący transgranicznej upadłości z udziałem Polski i Litwy. Pełny obraz obowiązku KSeF w Polsce przedstawia analiza co KSeF oznacza dla firm w Polsce.

Mikro-przypadek z praktyki: litewski dystrybutor sprzętu IT, obsługujący polskich klientów korporacyjnych z Trójmiasta, wiosną 2025 roku odkrył, że jego system fakturowy nie obsługuje FA(3). Wdrożenie integracji zajęło 11 tygodni i kosztowało około 28 000 PLN. Gdyby zaczął wcześniej – w czwartym kwartale 2024 roku – koszt byłby o jedną trzecią niższy, a ryzyko zerowe.

Drugi przypadek: spółka holdingowa z Wilna, posiadająca polską spółkę zależną z obrotem 45 mln PLN rocznie, nie uwzględniła KSeF w harmonogramie wdrożeń IT na 2025 rok. W efekcie projekt startuje w lutym 2026 roku – dwa miesiące przed terminem. Przy standardowym czasie wdrożenia to scenariusz wysokiego ryzyka. IP Box i inne preferencje podatkowe, z których korzysta ta spółka, nie zwalniają z obowiązku KSeF – co jest częstym nieporozumieniem wśród zagranicznych inwestorów.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga oceny, czy obowiązek KSeF dotyczy jej od 1 lutego czy 1 kwietnia 2026 roku. Błędne ustalenie terminu to nieodwracalna strata zgodności podatkowej i realne ryzyko zakwestionowania odliczeń VAT przez KAS.

Jeśli Państwa spółka posiada polską rejestrację VAT lub prowadzi transakcje z polskimi podmiotami powiązanymi – przeprowadzimy weryfikację obowiązku KSeF, ocenę gotowości systemów i przegląd dokumentacji cen transferowych: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy litewska spółka bez oddziału w Polsce, ale zarejestrowana jako podatnik VAT, musi korzystać z KSeF?

O: Tak. Obowiązek KSeF dotyczy każdego czynnego podatnika VAT zarejestrowanego w Polsce – niezależnie od siedziby. Artykuł 106na ustawy o podatku od towarów i usług nie przewiduje wyjątku dla podmiotów zagranicznych posiadających polski numer VAT. Litewska spółka zarejestrowana do VAT w Polsce musi wystawiać faktury przez KSeF od 1 kwietnia 2026 roku, jeśli jej obrót w 2024 roku nie przekroczył 200 milionów złotych.

P: Jakie są koszty wdrożenia KSeF dla małej firmy zagranicznej?

O: Koszty zależą od stopnia skomplikowania systemu fakturowego. Dla małych podmiotów korzystających z popularnych platform ERP (np. SAP, Comarch) integracja z KSeF kosztuje od 8 000 do 35 000 PLN i trwa od 4 do 16 tygodni. Podmioty korzystające z niestandardowych systemów mogą zapłacić więcej. Fundacja rodzinna ani inne struktury holdingowe nie zmieniają tego wymogu – każda jednostka z polskim VAT wdraża KSeF osobno.

P: Czy doradca podatkowy w Warszawie może reprezentować litewską spółkę w KSeF?

O: Tak. Polskie przepisy pozwalają wyznaczyć pełnomocnika – w tym doradcę podatkowego lub radcę prawnego – do działania w imieniu podatnika w systemie KSeF. Pełnomocnictwo musi być złożone do właściwego urzędu skarbowego w formie elektronicznej. Doradca podatkowy z Warszawy może zarządzać tokenami autoryzacyjnymi, składać faktury i monitorować status rozliczeń w imieniu litewskiego klienta. To rozwiązanie szczególnie praktyczne dla podmiotów bez polskiego personelu administracyjnego.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do wdrożeń KSeF, doradztwa VAT i CIT, cen transferowych oraz obsługi podmiotów zagranicznych działających w Polsce. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.