Od 1 kwietnia 2026 r. każdy czynny podatnik VAT – poza nielicznymi wyjątkami – ma obowiązek wystawiać faktury wyłącznie w Krajowym Systemie e-Faktur. Brzmi prosto. W praktyce jednak wiele firm odkrywa, że ich systemy ERP nie obsługują formatu FA(3), a działy księgowe nie znają procedury awaryjnej. Kara za każdą fakturę wystawioną poza KSeF może sięgnąć 100% kwoty VAT na dokumencie – i nie jest to przepis teoretyczny.

Kary za naruszenia obowiązku KSeF wynikają z art. 106na ustawy o VAT i stają się egzekwowalne od 1 stycznia 2027 roku. Sankcja wynosi do 100% kwoty VAT wykazanej na fakturze wystawionej poza systemem lub do 18,7% wartości faktury, jeśli VAT nie był wykazany. Rok 2026 to okres przejściowy – obowiązek wystawiania faktur przez KSeF już obowiązuje, ale kary jeszcze nie są nakładane.

Ten alert wyjaśnia: jak dokładnie obliczyć potencjalną karę, kogo dotyczą poszczególne progi, co zrobić w ciągu najbliższych tygodni i jak udokumentować działania, które przekonają kontrolę KAS, że naruszenie miało charakter nieumyślny.

Jak działa mechanizm kar i kogo dotyczą progi?

Obowiązek KSeF wszedł w życie dwuetapowo. Podatnicy, których obrót w 2024 r. przekroczył 200 mln zł, musieli wdrożyć system już od 1 lutego 2026 r. Pozostali czynni podatnicy VAT – od 1 kwietnia 2026 r. Zwolnienie do 1 stycznia 2027 r. obejmuje wyłącznie mikroprzedsiębiorców z miesięcznym przychodem poniżej 10 000 zł. Jeśli Państwa firma przekracza ten próg, zwolnienie nie ma zastosowania.

Kara za fakturę wystawioną poza KSeF wynosi do 100% kwoty VAT na tej fakturze. Dla faktury na 100 000 zł netto z 23% VAT oznacza to ryzyko sankcji do 23 000 zł – za jeden dokument. Przy kilkuset fakturach miesięcznie łączna ekspozycja może przekroczyć wartość rocznego podatku. Urząd skarbowy i KAS mogą nałożyć karę w drodze decyzji administracyjnej, od której przysługuje odwołanie.

Warto odróżnić dwa scenariusze. Pierwszy: faktura wystawiona całkowicie poza KSeF (np. w programie fakturującym bez integracji). Drugi: faktura przesłana do KSeF, ale z błędem strukturalnym powodującym odrzucenie przez system. W obu przypadkach faktura nie uzyskuje numeru KSeF i formalnie nie istnieje w systemie – skutki podatkowe są identyczne. Nabywca, który odliczył VAT z takiej faktury, może mieć problem w razie kontroli KAS.

Dla firm stosujących samofakturowanie w systemie KSeF ryzyko jest podwójne: błąd po stronie nabywcy wystawiającego fakturę w imieniu sprzedawcy obciąża obu uczestników transakcji. Procedury samofakturowania wymagają osobnej weryfikacji pod kątem zgodności z nowym reżimem.

Jak obliczyć karę i co zrobić, żeby jej uniknąć?

Obliczenie potencjalnej kary jest proste arytmetycznie, ale wymaga inwentaryzacji. Należy zebrać wszystkie faktury wystawione poza KSeF po dacie obowiązku, zsumować kwoty VAT na każdej z nich – i pomnożyć przez stawkę sankcji (maksymalnie 100%). To górna granica. W praktyce organy podatkowe stosują sankcję proporcjonalną do skali naruszenia i stopnia winy. Brak winy umyślnej to argument, który trzeba udokumentować.

Działania, które realnie obniżają ryzyko kary:

  • Audyt integracji ERP z KSeF – weryfikacja, czy system generuje schemat FA(3) bez błędów walidacyjnych.
  • Wdrożenie procedury awaryjnej – ustawa dopuszcza wystawienie faktury poza KSeF w przypadku awarii systemu, pod warunkiem późniejszego przesłania dokumentu do KSeF w ciągu 7 dni roboczych od ustania awarii.
  • Dokumentacja prób wdrożenia – korespondencja z dostawcą ERP, protokoły testów, decyzje zarządu. To materiał dowodowy na wypadek kontroli.
  • Szkolenie działu księgowego z procedury korygowania faktur odrzuconych przez KSeF.
  • Bieżący monitoring statusu faktur w API KSeF – odrzucenia nie są widoczne automatycznie w większości systemów.

Firmy, które prowadzą ceny transferowe lub korzystają z IP Box, powinny pamiętać, że błędy w KSeF mogą zakwestionować prawidłowość dokumentacji podatkowej. Doradca podatkowy Warszawa lub Kraków może przeprowadzić szybki przegląd zgodności przed ewentualną kontrolą. Fundacja rodzinna jako podatnik CIT zwolniony z podatku od dochodów inwestycyjnych nadal wystawia faktury – i też podlega obowiązkowi KSeF, jeśli jest zarejestrowana jako podatnik VAT.

Konkretna sytuacja Państwa firmy może wymagać oceny, czy naruszenia już nastąpiły i czy możliwe jest ich naprawienie przed 1 stycznia 2027 r. – datą, od której kary stają się egzekwowalne. Nieodwracalnym skutkiem braku działania jest utrata możliwości powołania się na brak winy umyślnej, gdy dokumentacja z 2026 r. będzie niekompletna.

Jeśli Państwa spółka wystawia ponad 50 faktur miesięcznie i nie ma pewności co do statusu integracji KSeF – przeprowadzimy przegląd zgodności, ocenimy ekspozycję na karę i przygotujemy dokumentację obronną: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Od kiedy dokładnie KAS może nałożyć karę za brak KSeF?

O: Kary za naruszenia obowiązku KSeF są egzekwowalne od 1 stycznia 2027 roku. Oznacza to, że faktury wystawione poza KSeF w 2026 roku mogą być podstawą sankcji, ale decyzja o nałożeniu kary może zapaść dopiero po tej dacie. Rok 2026 jest de facto okresem przejściowym, w którym obowiązek już istnieje, a sankcja jeszcze nie jest stosowana.

P: Czy faktura odrzucona przez KSeF z powodu błędu technicznego jest traktowana tak samo jak faktura wystawiona celowo poza systemem?

O: Formalnie obie sytuacje skutkują brakiem numeru KSeF i brakiem ważnej faktury ustrukturyzowanej. Jednak stopień winy ma znaczenie przy wymiarze kary. Udokumentowanie błędu technicznego, prób jego usunięcia i przesłania faktury w trybie awaryjnym może być argumentem na korzyść podatnika. Brak jakiejkolwiek dokumentacji działań naprawczych działa na niekorzyść.

P: Czy mikroprzedsiębiorcy są całkowicie zwolnieni z obowiązku KSeF?

O: Zwolnienie dotyczy wyłącznie podatników, których miesięczny przychód nie przekracza 10 000 złotych. Zwolnienie obowiązuje do 1 stycznia 2027 roku – nie jest trwałe. Podatnik, który przekroczy próg przychodowy choćby w jednym miesiącu, traci zwolnienie i musi niezwłocznie wdrożyć integrację z KSeF. Warto monitorować przychody miesięczne, jeśli firma działa blisko tego progu.

O kancelarii: KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do wdrożeń KSeF, kontroli KAS i sporów podatkowych. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Autor: Katarzyna Janowska kieruje praktyką podatkową KORDECKI & Partners. Przez dziewięć lat pracowała w dziale podatkowym firmy Big Four. Specjalizuje się w doradztwie CIT/PIT/VAT, wdrożeniach KSeF, JPK_CIT, Pillar Two, IP Box, cenach transferowych, kontrolach KAS oraz sporach podatkowych przed WSA i NSA. Utworzyła osiem fundacji rodzinnych od wejścia ustawy w życie w maju 2023 r.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.