Pismo z Krajowej Administracji Skarbowej trafia na biurko prezesa. Trzy strony zadrukowane paragrafami, termin odpowiedzi – 7 dni. Dział księgowości nagle przypomina sobie o fakturach z 2022 roku, które „może nie były idealnie opisane". Takie scenariusze zdarzają się częściej, niż przedsiębiorcy sądzą – i niemal zawsze zaskakują tych, którzy nie przygotowali się wcześniej.

Kontrola KAS to postępowanie prowadzone przez Krajową Administrację Skarbową, które może objąć rozliczenia CIT, VAT, ceny transferowe, IP Box lub zgodność z obowiązkiem KSeF. Organ ma prawo żądać dokumentów za okres do 5 lat wstecz. Nieprzygotowana spółka ryzykuje nie tylko zaległości podatkowe, lecz także odpowiedzialność osobistą zarządu na podstawie artykułu 116 paragrafu 1 Ordynacji podatkowej.

Ten przewodnik pokazuje procedurę krok po kroku: od pierwszego pisma KAS, przez terminy i prawa podatnika, aż po najczęstsze błędy i scenariusze zakończenia kontroli. Omawiam też trzy sytuacje biznesowe – producenta, firmę IT i inwestora zagranicznego – żeby każdy czytelnik znalazł swój przypadek.

Jak wygląda kontrola KAS krok po kroku?

Kontrola celno-skarbowa rozpoczyna się doręczeniem upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Podatnik ma 7 dni na przygotowanie dokumentów od daty doręczenia – jeśli tego nie dopilnuje, organ może samodzielnie ocenić stan faktyczny na podstawie posiadanych danych. KAS korzysta przy tym z informacji z JPK_VAT, JPK_CIT oraz rejestrów CRBR i KRS. To oznacza, że urzędnik wchodzi na spotkanie lepiej przygotowany, niż się wydaje.

Procedura przebiega w czterech etapach. Po pierwsze, wszczęcie – organ doręcza upoważnienie i legitymuje kontrolujących. Po drugie, czynności sprawdzające – analiza ksiąg, faktur, umów i korespondencji. Po trzecie, wyniki – protokół kontroli z zastrzeżeniami lub bez. Po czwarte, ewentualne postępowanie podatkowe – jeśli KAS stwierdzi nieprawidłowości.

Czas trwania kontroli celno-skarbowej wynosi co do zasady 3 miesiące. Organ może go przedłużyć, ale każde przedłużenie musi być uzasadnione i doręczone podatnikowi na piśmie. W praktyce – wiele firm o tym zapomina – milczące przedłużenie jest bezskuteczne i można je skutecznie kwestionować.

Podatnik ma prawo wglądu w akta sprawy na każdym etapie. Ma też prawo do zastrzeżeń do protokołu – termin to 14 dni od daty doręczenia protokołu. Rezygnacja z tego prawa to jeden z najkosztowniejszych błędów, jakie popełniają przedsiębiorcy bez wsparcia doradcy podatkowego.

Mikro-przypadek: firma produkcyjna z Wielkopolski jesienią 2024 r. otrzymała protokół z zarzutem zawyżenia kosztów o około 800 000 PLN. Złożone w terminie zastrzeżenia – poparte dokumentacją technologiczną – doprowadziły do redukcji zarzutu o ponad połowę jeszcze przed wszczęciem postępowania podatkowego.

Czego KAS szuka najczęściej – i gdzie są pułapki?

KAS koncentruje się na kilku obszarach ryzyka. Pierwszym są koszty uzyskania przychodu – zgodność z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, czyli związek wydatku z przychodem. Drugim jest VAT: prawidłowość odliczeń, stawki i – od 2026 r. – zgodność z obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych przez KSeF na podstawie art. 106na ustawy o VAT. Trzecim obszarem są ceny transferowe przy transakcjach z podmiotami powiązanymi.

Szczególną uwagę organ poświęca firmom korzystającym z preferencji podatkowych. IP Box (stawka 5% na dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnej przewidziana w art. 24d–24s ustawy o CIT) wymaga szczegółowej ewidencji prac B+R. Brak takiej ewidencji – albo jej niekompletność – to najczęstszy powód zakwestionowania ulgi w całości.

Kolejna pułapka: fundacja rodzinna. Organ weryfikuje, czy majątek wniesiony do fundacji nie był wcześniej przedmiotem transakcji z podmiotami powiązanymi po cenach odbiegających od rynkowych. Ustawa o fundacji rodzinnej przewiduje zwolnienie z CIT na etapie akumulacji majątku – ale tylko wtedy, gdy transakcje poprzedzające założenie fundacji były prawidłowo udokumentowane. Warto przy tej okazji sprawdzić, która struktura – fundacja rodzinna czy holding – pasuje do Państwa sytuacji.

Trzy obszary najczęściej kwestionowane przez KAS:

  • koszty usług niematerialnych (doradztwo, zarządzanie, licencje) bez wystarczającej dokumentacji
  • odliczenia VAT od faktur podmiotów, wobec których wszczęto postępowanie karne skarbowe
  • dokumentacja cen transferowych – brak lub niekompletność dla transakcji powyżej ustawowych progów

Mikro-przypadek: spółka IT z Mazowsza w lecie 2024 r. straciła prawo do IP Box za rok 2021 – łącznie około 340 000 PLN dopłaty podatku – bo ewidencja projektowa nie pozwalała przypisać konkretnych godzin pracy do poszczególnych praw IP. Stawka CIT wzrosła z 5% do standardowych 19% zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy o CIT.

Osobna kwestia to sygnaliści. Jeżeli Państwa firma zatrudnia ponad 50 osób, musi posiadać wewnętrzny kanał zgłoszeń na podstawie art. 8 ustawy o sygnalistach. KAS coraz częściej sprawdza, czy compliance w firmie jest spójny – a brak procedury może być sygnałem słabości kontroli wewnętrznej. Więcej o tym, jak napisać politykę ochrony sygnalistów zgodnie z ustawą, znajdą Państwo w osobnym materiale.

Jak przygotować firmę przed kontrolą KAS?

Przygotowanie to nie jednorazowa akcja – to stan gotowości. Dobry doradca podatkowy Warszawa lub Kraków powie to samo: audyt wewnętrzny przeprowadzony 6–12 miesięcy przed spodziewaną kontrolą jest wielokrotnie tańszy niż korekta po jej wszczęciu. Organ nie ma obowiązku ostrzegać z wyprzedzeniem.

Co sprawdzić w pierwszej kolejności? Oto lista kontrolna:

  • dokumentacja kosztów usług niematerialnych za ostatnie 5 lat – umowy, faktury, dowody wykonania
  • ewidencja projektów B+R i praw IP, jeśli firma korzysta z IP Box
  • dokumentacja cen transferowych – lokalna i grupowa, zgodna z progami ustawowymi
  • pliki JPK_VAT i JPK_CIT – spójność z deklaracjami i księgami rachunkowymi
  • status wdrożenia KSeF – gotowość systemu ERP do formatu FA(3) przed 1 kwietnia 2026 r.

Trzy scenariusze biznesowe pokazują, jak różne są priorytety. Producent z Małopolski powinien skupić się na dokumentacji kosztów surowców i usług logistycznych. Firma IT weryfikuje ewidencję IP Box i umowy z programistami (B2B vs. umowa o pracę). Inwestor zagraniczny – np. z Niemiec wchodzący na rynek polski – priorytetowo sprawdza ceny transferowe i dokumentację pożyczek udzielonych polskiej spółce córce.

Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest powołanie wewnętrznego „koordynatora kontroli" – osoby, która zna akta i będzie jedynym punktem kontaktu z urzędnikami KAS. Rozmowy prowadzone przez kilka różnych osób z działu finansowego często prowadzą do sprzecznych oświadczeń. A sąd – i organ podatkowy – patrzy na spójność zeznań, nie na intencje.

Co zrobić, gdy kontrola już trwa – i jak ją zakończyć?

Gdy KAS jest już w firmie, obowiązują ścisłe reguły. Podatnik nie może odmówić dostępu do dokumentów objętych upoważnieniem – ale ma prawo żądać, by czynności były wykonywane w godzinach pracy i w siedzibie spółki. Każde żądanie organu powinno być odnotowane na piśmie. Ustne polecenia przekazywane przez telefon nie mają mocy prawnej.

Protokół kontroli to kluczowy dokument. Podatnik ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń. To nie jest formalność – to jedyna szansa na korektę ustaleń faktycznych przed wszczęciem postępowania podatkowego. Zastrzeżenia powinny być konkretne, poparte dokumentami i podpisane przez pełnomocnika lub zarząd.

Kontrola może zakończyć się na trzy sposoby. Pierwszy – wynik negatywny: brak nieprawidłowości, sprawa zamknięta. Drugi – wynik z zaleceniami: podatnik dobrowolnie koryguje deklaracje i płaci zaległość z odsetkami (8,5% rocznie według stawki podstawowej w 2026 r.). Trzeci – wszczęcie postępowania podatkowego: organ wydaje decyzję wymiarową, od której przysługuje odwołanie do dyrektora izby administracji skarbowej, a następnie skarga do WSA i NSA.

Dobrowolna korekta przed zakończeniem kontroli – złożona w trybie art. 81 Ordynacji podatkowej – może ograniczyć ryzyko sankcji karnych skarbowych. Organ traktuje ją jako okoliczność łagodzącą. Czekanie na decyzję i dopiero wtedy płacenie jest strategicznie słabszą pozycją – zamyka drogę do negocjacji i generuje wyższe odsetki.

Często zadawane pytania

P: Jak długo KAS może prowadzić kontrolę celno-skarbową i czy można ją przedłużyć?

O: Standardowy czas kontroli celno-skarbowej wynosi 3 miesiące od daty wszczęcia. Organ może przedłużyć ten termin, jednak każde przedłużenie wymaga pisemnego uzasadnienia doręczonego podatnikowi. Łączny czas kontroli u jednego podatnika nie może przekroczyć limitów określonych w przepisach o swobodzie działalności gospodarczej. Brak pisemnego doręczenia o przedłużeniu oznacza, że czynności podjęte po upływie terminu mogą być kwestionowane.

P: Czy kontrola KAS zawsze kończy się zaległością podatkową?

O: Nie – znaczna część kontroli kończy się wynikiem negatywnym, czyli brakiem stwierdzonych nieprawidłowości. Firmy, które prowadzą rzetelną dokumentację i przeprowadziły wcześniejszy audyt wewnętrzny, przechodzą przez kontrolę sprawnie. Ryzyko zaległości rośnie przy niekompletnej dokumentacji kosztów usług niematerialnych, braku ewidencji B+R przy IP Box lub nieprawidłowościach w cenach transferowych.

P: Czy zarząd spółki może ponieść osobistą odpowiedzialność za wynik kontroli KAS?

O: Tak. Na podstawie artykułu 116 paragrafu 1 Ordynacji podatkowej członkowie zarządu spółki z o.o. odpowiadają solidarnie za zaległości podatkowe spółki, jeśli egzekucja z majątku spółki okaże się bezskuteczna. Odpowiedzialność ta jest nieograniczona i obejmuje zaległości główne oraz odsetki. Jedyną skuteczną obroną jest wykazanie, że w czasie powstania zaległości złożono wniosek o ogłoszenie upadłości lub wszczęto restrukturyzację.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga indywidualnej oceny – zwłaszcza gdy kontrola dotyczy kilku obszarów jednocześnie (VAT, CIT, ceny transferowe) lub gdy organ wyszedł już poza zakres upoważnienia. Każde nieodwracalne ustalenie protokołu wpływa na wynik postępowania podatkowego i ewentualną odpowiedzialność zarządu.

Jeśli Państwa spółka otrzymała upoważnienie do kontroli KAS lub spodziewa się wszczęcia postępowania w zakresie CIT, VAT lub cen transferowych – przeprowadzimy przegląd dokumentacji, ocenimy ryzyko i przygotujemy strategię odpowiedzi na zarzuty: info@kordeckipartners.com.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, wdrożeń KSeF, kontroli KAS i sporów przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.