Kontroler z Krajowej Administracji Skarbowej pojawia się bez zapowiedzi. Albo – co coraz częstsze – przesyła upoważnienie pocztą i wyznacza termin pierwszego spotkania na siedem dni roboczych. Firma produkcyjna z Podkarpacia dowiedziała się o kontroli z pisma, które dotarło w piątek po południu. W poniedziałek rano zarząd nie wiedział, od czego zacząć. Ten przewodnik pokazuje dokładnie, co dzieje się na każdym etapie kontroli KAS i jak się do niej przygotować – zanim kontroler przekroczy próg biura.

Kontrola Krajowej Administracji Skarbowej to sformalizowane postępowanie weryfikujące prawidłowość rozliczeń podatkowych przedsiębiorcy. Procedurę regulują przepisy Ordynacji podatkowej oraz ustawa o KAS. Kontrola może obejmować podatek VAT, CIT według stawki 19% (art. 19 ust. 1 ustawy o CIT), ceny transferowe, koszty uzyskania przychodu (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT) lub wdrożenie KSeF – i trwa od 30 dni do nawet kilku lat w sprawach złożonych.

Przewodnik omawia cztery obszary: przebieg kontroli krok po kroku, najczęstsze błędy podatników, trzy scenariusze biznesowe oraz to, co zrobić w ciągu pierwszych 48 godzin od doręczenia upoważnienia. Każdy etap jest opisany z konkretnymi terminami i kwotami, bo w kontroli KAS czas działa na korzyść tego, kto jest przygotowany.

Jak przebiega kontrola KAS krok po kroku?

Kontrola KAS zaczyna się od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej lub celno-skarbowej. To dwa różne tryby – i różnica ma znaczenie praktyczne. Kontrola podatkowa prowadzona przez naczelnika urzędu skarbowego trwa co do zasady nie dłużej niż 12 miesięcy dla dużych przedsiębiorców. Kontrola celno-skarbowa prowadzona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego może trwać 3 miesiące, z możliwością przedłużenia. KAS, KRS i KSeF – trzy skróty, które w 2026 roku definiują otoczenie regulacyjne polskiego przedsiębiorcy.

Po doręczeniu upoważnienia podatnik ma 7 dni roboczych na przygotowanie dokumentacji – jeśli kontrola jest zapowiedziana. Kontrole niezapowiedziane zdarzają się rzadziej, ale są możliwe w sprawach VAT przy podejrzeniu wyłudzenia. W praktyce większość kontroli w sektorze MŚP jest poprzedzona pismem. To okno czasowe trzeba wykorzystać maksymalnie.

Etapy typowej kontroli wyglądają następująco:

  • Doręczenie upoważnienia i okazanie legitymacji służbowej przez kontrolera
  • Pierwsze spotkanie – omówienie zakresu, wskazanie żądanych dokumentów
  • Gromadzenie dowodów – przesłuchania, żądania dokumentów, oględziny
  • Protokół kontroli – podatnik ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń
  • Decyzja podatkowa lub umorzenie postępowania

Zastrzeżenia do protokołu to jeden z najważniejszych instrumentów obrony. Ich pominięcie lub złożenie po terminie zamyka drogę do skutecznego kwestionowania ustaleń na późniejszym etapie. Uważamy, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest zaangażowanie doradcy podatkowego już na etapie pierwszego spotkania – nie dopiero po otrzymaniu protokołu.

Jakie obszary najczęściej sprawdza KAS i dlaczego właśnie teraz?

KAS koncentruje kontrole na czterech obszarach: rozliczenia VAT (karuzele, puste faktury, odliczenia), ceny transferowe w transakcjach między podmiotami powiązanymi, koszty uzyskania przychodu (art. 15 ust. 1 ustawy o CIT) oraz nowe obowiązki cyfrowe – JPK_V7, JPK_CIT i KSeF. Rok 2026 przynosi wzmożone zainteresowanie KAS zgodnością z obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych (art. 106na ustawy o VAT), który od 1 kwietnia 2026 r. obejmuje wszystkich podatników VAT.

Ceny transferowe to obszar szczególnego ryzyka dla grup kapitałowych. Dokumentacja lokalna i grupowa musi być gotowa na żądanie organu – bez zbędnej zwłoki. Brak dokumentacji lub jej niekompletność może skutkować doszacowaniem dochodu i sankcyjną stawką podatku. W sprawach cen transferowych kontrole trwają nierzadko ponad rok.

Spółka IT z Wrocławia korzystająca z ulgi IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT) otrzymała wezwanie do przedstawienia ewidencji IP w lutym 2025 r. Brak szczegółowej ewidencji projektowej spowodował zakwestionowanie prawa do stawki 5% za trzy lata wstecz – kwota dodatkowego zobowiązania przekroczyła 400 000 PLN. Ewidencja IP Box musi być prowadzona na bieżąco, nie rekonstruowana po fakcie.

NSA i WSA w ostatnich latach potwierdzają, że ciężar dowodu w sprawach dotyczących prawa do odliczenia VAT spoczywa na podatniku. To oznacza, że dokumentacja kontrahenta – weryfikacja w CEIDG, KRS, białej liście VAT – musi być archiwizowana systematycznie. Doradca podatkowy z Warszawy rekomendujący wyrywkową weryfikację popełnia błąd, który może kosztować firmę kilkaset tysięcy złotych.

Fundacja rodzinna zarejestrowana po maju 2023 r. może być objęta kontrolą w zakresie zwolnienia z CIT na dochody inwestycyjne. KAS weryfikuje, czy działalność fundacji mieści się w ustawowym katalogu dozwolonej aktywności. Więcej o aspektach podatkowych fundacji rodzinnej w kontekście jej rejestracji można znaleźć w przewodniku o zakładaniu fundacji rodzinnej i procesie rejestracji w KRS.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga indywidualnej oceny ryzyka przed kontrolą, nie w jej trakcie. Nieodwracalne skutki – doszacowanie podatku za 5 lat wstecz, odsetki i sankcje – można ograniczyć tylko działając z wyprzedzeniem.

Jeśli Państwa spółka prowadzi rozliczenia w obszarach VAT, cen transferowych lub IP Box – przeprowadzimy przegląd dokumentacji i ocenę ryzyka przed kontrolą: info@kordeckipartners.com.

Trzy scenariusze biznesowe – jak wygląda kontrola w praktyce?

Scenariusze różnią się branżą, skalą i przedmiotem kontroli. Łączy je jedno: wynik zależy od jakości dokumentacji zgromadzonej przed kontrolą, nie od argumentów przedstawionych kontrolerowi w trakcie pierwszego spotkania.

Scenariusz 1 – firma produkcyjna (manufacturing). Producent komponentów z Małopolski z przychodem 45 mln PLN rocznie. KAS wszczyna kontrolę celno-skarbową w zakresie VAT za lata 2022–2024. Przedmiot: odliczenia VAT od zakupów materiałowych, weryfikacja kontrahentów. Czas trwania: 9 miesięcy. Kluczowy błąd: brak archiwizacji potwierdzeń weryfikacji kontrahentów w białej liście VAT. Skutek: zakwestionowanie odliczeń na kwotę 280 000 PLN. Lekcja: weryfikacja kontrahentów musi być dokumentowana automatycznie przy każdej transakcji powyżej 15 000 PLN.

Scenariusz 2 – spółka IT (technology). Software house z Trójmiasta, 30 pracowników, korzysta z IP Box i ulgi B+R. KAS wszczyna kontrolę podatkową w zakresie CIT za rok 2023. Przedmiot: prawidłowość ewidencji IP, kwalifikowalność projektów. Czas trwania: 6 miesięcy. Kluczowy błąd: ewidencja czasu pracy programistów prowadzona w arkuszach Excel bez powiązania z konkretnymi projektami IP. Skutek: zakwestionowanie 60% ulgi IP Box. Lekcja: ewidencja IP musi być granularna – projekt, programista, godziny, wynik kwalifikowalny.

Scenariusz 3 – inwestor zagraniczny (cross-border). Dla holenderskiego inwestora wchodzącego na rynek polski poprzez spółkę zależną sp. z o.o. kontrola cen transferowych to szczególne ryzyko. KAS weryfikuje transakcje z podmiotem powiązanym – opłaty licencyjne za znak towarowy. Brak analizy porównawczej (benchmarking) lub analiza nieaktualna (starsze niż 3 lata dane) skutkuje doszacowaniem dochodu. Próg obowiązku dokumentacyjnego to 10 mln PLN dla transakcji towarowych i finansowych. Więcej o obciążeniach podatkowych spółek w Polsce – w tym o CIT minimalnym – omawia analiza CIT minimalnego: kto jest zwolniony, a kto płaci.

Jak przygotować się do kontroli KAS – lista kontrolna i pierwsze 48 godzin?

Przygotowanie do kontroli KAS to proces ciągły – nie jednorazowe działanie po otrzymaniu upoważnienia. Firmy, które mają porządek w dokumentacji na co dzień, przeżywają kontrolę bez stresu. Firmy, które zaczynają porządkować dokumenty dopiero po doręczeniu pisma, działają pod presją czasu i popełniają błędy.

Pierwsze 48 godzin od doręczenia upoważnienia to czas krytyczny. Co zrobić natychmiast:

  • Skontaktować się z doradcą podatkowym lub pełnomocnikiem – przed pierwszym spotkaniem z kontrolerem
  • Zabezpieczyć kopie JPK_V7 i JPK_CIT za kontrolowany okres
  • Zidentyfikować transakcje o najwyższym ryzyku (duże odliczenia VAT, transakcje z podmiotami powiązanymi)
  • Wyznaczyć jedną osobę w firmie jako punkt kontaktu z kontrolerem – nie każdy pracownik powinien rozmawiać z KAS
  • Sprawdzić, czy dokumentacja cen transferowych jest kompletna i aktualna

W praktyce – wiele firm o tym zapomina – kontroler ma prawo przesłuchać pracowników firmy jako świadków. Pracownicy powinni wiedzieć, że mają prawo odmówić zeznań obciążających pracodawcę, ale nie mogą składać fałszywych zeznań. Szkolenie pracowników przed kontrolą to inwestycja, która zwraca się wielokrotnie.

Co do dokumentacji – minimalny standard przed kontrolą obejmuje: kompletne ewidencje JPK za 5 lat wstecz, dokumentację cen transferowych (jeśli dotyczy), ewidencję IP Box (jeśli korzystają Państwo z ulgi), potwierdzenia weryfikacji kontrahentów w białej liście VAT oraz umowy z podmiotami powiązanymi. Brak któregokolwiek z tych elementów to sygnał dla kontrolera, że warto drążyć dalej.

KSeF od 1 kwietnia 2026 r. staje się kolejnym obszarem weryfikacji. KAS będzie sprawdzać, czy faktury wystawiane są wyłącznie przez Krajowy System e-Faktur, czy numery KSeF są prawidłowo archiwizowane i czy system ERP jest zintegrowany z FA(3). Firmy, które wdrożyły KSeF wyłącznie technicznie – bez przeszkolenia działu księgowości – narażają się na błędy procesowe widoczne w danych KAS.

Często zadawane pytania

P: Ile trwa kontrola KAS i czy można ją przyspieszyć?

O: Kontrola podatkowa prowadzona przez naczelnika urzędu skarbowego trwa co do zasady do 12 miesięcy dla dużych przedsiębiorców i do 3 miesięcy dla mikroprzedsiębiorców. Kontrola celno-skarbowa trwa 3 miesiące z możliwością przedłużenia. Przyspieszyć kontroli nie można, ale aktywna współpraca podatnika – terminowe dostarczanie dokumentów, brak wniosków o przedłużenie terminów – skraca ją w praktyce. Kluczowe jest wyznaczenie pełnomocnika, który koordynuje komunikację z organem.

P: Czy kontrola KAS zawsze kończy się zaległością podatkową?

O: To częste nieporozumienie. Znaczna część kontroli kończy się bez ustalenia zaległości lub z ustaleniami o marginalnym znaczeniu finansowym. Wynik kontroli zależy przede wszystkim od jakości dokumentacji podatnika i prawidłowości rozliczeń. Firmy, które regularnie korzystają z usług doradcy podatkowego i prowadzą rzetelną dokumentację, przechodzą kontrole bez istotnych korekt. Zaległość i odsetki pojawiają się tam, gdzie dokumentacja jest niekompletna lub rozliczenia są błędne.

P: Co zrobić, jeśli nie zgadzam się z wynikami kontroli?

O: Podatnik ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń do protokołu kontroli. To pierwszy i najważniejszy instrument obrony – argumenty niepodniesione na tym etapie mogą być trudniejsze do uwzględnienia później. Po wydaniu decyzji podatkowej przysługuje odwołanie do organu drugiej instancji w terminie 14 dni od doręczenia decyzji, a następnie skarga do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Sprawy podatkowe przed WSA i NSA mogą trwać łącznie 3–5 lat. Uważamy, że inwestycja w pełnomocnika na etapie zastrzeżeń do protokołu jest wielokrotnie tańsza niż wieloletni spór sądowy.

Konkretna sytuacja Państwa firmy – zakres kontroli, okres objęty weryfikacją, obszary ryzyka – wymaga indywidualnej oceny. Działanie bez wsparcia pełnomocnika na etapie kontroli może nieodwracalnie zamknąć drogę do obrony na późniejszym etapie postępowania.

Jeśli Państwa spółka otrzymała upoważnienie do kontroli KAS lub chce przeprowadzić przegląd dokumentacji przed kontrolą – przeanalizujemy zakres ryzyka, przygotujemy dokumentację i zapewnimy reprezentację: info@kordeckipartners.com.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS i sporów przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.