Firma z branży usług IT z Mazowsza otrzymała jesienią 2024 r. zawiadomienie o wszczęciu kontroli podatkowej przez Krajową Administrację Skarbową. Zakres: rozliczenia VAT za dwa lata wstecz oraz koszty uzyskania przychodu w CIT. Zarząd miał 7 dni na zebranie dokumentacji.

Kontrola KAS to postępowanie, w którym organy skarbowe weryfikują prawidłowość rozliczeń podatkowych przedsiębiorcy. Podstawę stanowią przepisy Ordynacji podatkowej oraz ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej. Kontrola może obejmować okres do 5 lat wstecz, a jej konsekwencje – od zaległości podatkowej po odpowiedzialność karną skarbową – są nieodwracalne.

Poniżej opisujemy przebieg sprawy naszego klienta: od pierwszego zawiadomienia przez strategię obrony aż po zamknięcie kontroli. Każdy etap zawiera wnioski, które można zastosować we własnej firmie.

Tło sprawy – jak doszło do kontroli?

Spółka z Mazowsza prowadziła działalność w zakresie rozwoju oprogramowania. Korzystała z ulgi IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT) oraz rozliczała koszty uzyskania przychodu zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT. W 2023 r. jej przychody przekroczyły 8 mln zł. Rok później – zawiadomienie z KAS.

Kontrola nie wzięła się z niczego. KAS korzysta z analizy ryzyka opartej na danych z JPK_VAT, JPK_CIT oraz informacjach z CRBR. W tym przypadku algorytm wychwycił trzy sygnały: wysoki udział kosztów niematerialnych, korzystanie z preferencyjnej stawki 5% w ramach IP Box oraz transakcje z podmiotami powiązanymi bez udokumentowanych cen transferowych.

W praktyce – wiele firm o tym zapomina – samo korzystanie z ulg podatkowych zwiększa prawdopodobieństwo kontroli. KAS priorytetyzuje podmioty, które stosują obniżone stawki CIT (9% lub 5%) bez rozbudowanej dokumentacji. Doradca podatkowy Warszawa, z którym współpracowała spółka, ostrzegał o tym ryzyku rok wcześniej. Niestety, dokumentacja IP Box nie była kompletna.

Jaką strategię przyjęliśmy podczas kontroli KAS?

Pierwsza decyzja była kluczowa: nie czekać biernie. Kontrola KAS to nie przesłuchanie – przedsiębiorca ma prawa i terminy. Zgodnie z Ordynacją podatkową, kontrolowany może wnosić zastrzeżenia do protokołu w ciągu 14 dni od jego doręczenia. Ten termin jest nieprzekraczalny. Pominięcie go zamyka drogę do skutecznej obrony w dalszym postępowaniu.

Przyjęliśmy trzy priorytety. Po pierwsze – zebranie i weryfikacja całej dokumentacji kosztowej. Art. 15 ust. 1 ustawy o CIT wymaga wykazania związku kosztu z przychodem. Każda faktura bez umowy lub opisu merytorycznego to potencjalny zarzut. Po drugie – uzupełnienie dokumentacji IP Box. Ulga wymaga prowadzenia ewidencji umożliwiającej przypisanie dochodu do konkretnych kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Po trzecie – przygotowanie odpowiedzi na pytania o ceny transferowe.

Spółka nie miała obowiązku sporządzenia pełnej dokumentacji cen transferowych – progi były poniżej wymaganych limitów. Jednak brak jakiejkolwiek analizy rynkowości transakcji z podmiotem powiązanym dał inspektorom pretekst do dodatkowych żądań. Zebranie porównywalnych danych rynkowych zajęło dwa tygodnie. To czas, którego przy lepszym przygotowaniu można było uniknąć.

Jak przebiegał proces i co udało się obronić?

Kontrola trwała łącznie 4 miesiące. KAS wydała protokół kontroli z zarzutami dotyczącymi trzech obszarów: zakwestionowania części kosztów niematerialnych (ok. 180 000 zł), wątpliwości co do zakresu działalności kwalifikowanej w ramach IP Box oraz braków formalnych w dokumentacji VAT. Stawka CIT 19% z art. 19 ust. 1 ustawy o CIT groziła zastosowaniem do całości dochodu – zamiast preferencyjnych 5%.

Złożyliśmy szczegółowe zastrzeżenia do protokołu w ustawowym terminie 14 dni. Dołączyliśmy uzupełnioną ewidencję IP Box, umowy z podwykonawcami oraz analizę porównywalności transakcji z podmiotem powiązanym. Organ uwzględnił zastrzeżenia w zakresie IP Box w całości. Koszty niematerialne zostały zakwestionowane jedynie częściowo – zaległość CIT wyniosła ostatecznie ok. 22 000 zł zamiast pierwotnie szacowanych 180 000 zł.

Warto też wspomnieć o wątku KSeF. Spółka nie wdrożyła jeszcze systemu wystawiania faktur ustrukturyzowanych zgodnie z art. 106na ustawy o VAT. Inspektor odnotował ten fakt w protokole. Choć obowiązek dla tej grupy podatników wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 r., brak jakiegokolwiek przygotowania był sygnałem dla KAS. Testy integracji KSeF, o których pisaliśmy w osobnym materiale, powinny zacząć się znacznie wcześniej – testowanie integracji KSeF krok po kroku to zadanie na dziś, nie na marzec 2026 r.

Jakie lekcje wynieść z tej kontroli KAS?

Pierwsze i najważniejsze: dokumentacja jest obroną. Kontrola KAS nie weryfikuje intencji – weryfikuje dowody. Każda ulga podatkowa, każdy koszt niematerialny, każda transakcja z podmiotem powiązanym musi mieć papierowe oparcie. Brak dokumentacji to nie błąd formalny – to zaproszenie do zakwestionowania całej pozycji.

Drugie: czas reakcji decyduje o wyniku. 14 dni na zastrzeżenia do protokołu to termin, który spółki często ignorują. Tymczasem to jedyna szansa na przedstawienie dowodów przed wydaniem decyzji. Późniejsze odwołanie do dyrektora izby administracji skarbowej lub skarga do WSA są możliwe, ale droższe i mniej skuteczne. Fundacja rodzinna, jeśli jest elementem struktury podatkowej, również powinna mieć kompletną dokumentację beneficjentów i zasad wypłat – KAS coraz częściej weryfikuje te struktury.

Trzecie: doradca podatkowy powinien być zaangażowany przed kontrolą, nie w jej trakcie. Spółka z naszego case study wdrożyła IP Box bez bieżącego wsparcia zewnętrznego. Koszt uzupełnienia dokumentacji podczas kontroli był wielokrotnie wyższy niż koszt jej prowadzenia na bieżąco. Szczegółowe informacje o procedurach dotyczących pracowników w kontekście restrukturyzacji znajdziesz w materiale o zwolnieniach grupowych – procedurze notyfikacji i konsultacji.

Co przygotować przed ewentualną kontrolą KAS:

  • aktualna ewidencja kosztów kwalifikowanych IP Box z przypisaniem do konkretnych praw
  • komplet umów z podwykonawcami i kontrahentami wraz z opisami merytorycznymi faktur
  • analiza rynkowości transakcji z podmiotami powiązanymi (nawet uproszczona, jeśli poniżej progów)
  • dokumentacja VAT zgodna z wymogami KSeF na dzień wejścia obowiązku
  • procedura wewnętrzna określająca osobę odpowiedzialną za kontakt z KAS

Kontrola KAS jest procesem – nie wyrokiem. Odpowiednie przygotowanie i szybka reakcja na etapie protokołu pozwalają ograniczyć zaległość podatkową nawet o 80%, jak pokazuje opisana sprawa.

Konkretna sytuacja Państwa firmy wymaga indywidualnej oceny ryzyka przed ewentualną kontrolą. Brak dokumentacji w kluczowych obszarach – IP Box, ceny transferowe, KSeF – to nieodwracalne utrudnienie w trakcie postępowania, którego nie można naprawić po doręczeniu protokołu.

Jeśli Państwa spółka korzysta z ulg podatkowych lub prowadzi transakcje z podmiotami powiązanymi i nie ma pewności co do kompletności dokumentacji – przeprowadzimy audyt dokumentacyjny i ocenimy ryzyko kontroli KAS: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Jak długo może trwać kontrola KAS i czy można ją skrócić?

O: Standardowa kontrola podatkowa nie powinna przekraczać 12 miesięcy dla małych podatników i 18 miesięcy dla pozostałych. W praktyce czas trwania zależy od kompletności dokumentacji dostarczonej przez kontrolowanego. Szybka i kompletna odpowiedź na żądania organu może skrócić kontrolę nawet o połowę. Organ ma obowiązek zawiadomić o każdym przedłużeniu terminu.

P: Czy kontrola KAS zawsze kończy się zaległością podatkową?

O: Nie – to częste nieporozumienie. Kontrola może zakończyć się wynikiem zerowym, jeśli dokumentacja jest kompletna i rozliczenia prawidłowe. W opisanej sprawie pierwotny zarzut opiewał na 180 000 zł, a ostateczna zaległość wyniosła 22 000 zł. Złożenie zastrzeżeń do protokołu w terminie 14 dni od doręczenia jest kluczowym instrumentem obrony, który podatnicy zbyt często pomijają.

P: Czy doradca podatkowy może uczestniczyć w czynnościach kontrolnych?

O: Tak – pełnomocnik ustanowiony przez podatnika ma prawo uczestniczyć we wszystkich czynnościach kontrolnych, zadawać pytania i żądać wyjaśnień od inspektorów. Pełnomocnictwo powinno zostać złożone niezwłocznie po otrzymaniu zawiadomienia o kontroli, najlepiej jeszcze przed pierwszą wizytą inspektora w siedzibie spółki. Ustanowienie pełnomocnika nie wstrzymuje biegu kontroli, ale istotnie wpływa na jej przebieg.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego, kontroli KAS, wdrożeń KSeF oraz sporów podatkowych przed WSA i NSA. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.