Firma produkcyjna z Nadrenii-Westfalii otwiera spółkę zależną w Polsce. Zarząd w Düsseldorfie zakłada, że polska córka zapłaci 19% CIT, złoży deklarację i na tym koniec. Po pierwszej kontroli KAS okazuje się, że spółka nie rozliczyła podatku u źródła od dywidend, nie przygotowała dokumentacji cen transferowych i nie wdrożyła KSeF. Zaległość podatkowa rośnie o odsetki, a zarząd odpowiada personalnie za niedopełnienie obowiązków.

Zagraniczna spółka zależna zarejestrowana w Polsce jako podatnik CIT podlega polskiemu podatkowi dochodowemu od całości swoich dochodów osiągniętych na terytorium RP. Stawka podstawowa wynosi 19% zgodnie z artykułem 19 ustęp 1 ustawy o CIT, a stawka preferencyjna dla małych podatników – 9% przy przychodach do 2 mln EUR. Obowiązki nie kończą się jednak na samej stawce: obejmują ceny transferowe, podatek u źródła, raportowanie do KAS oraz – od 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek wystawiania faktur przez KSeF.

Poniższa analiza omawia kolejno: podstawy opodatkowania i rejestrację, ceny transferowe i ryzyko kontroli, podatek u źródła i mechanizmy umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, a wreszcie perspektywy zmian regulacyjnych. Każda sekcja zawiera punkty kontrolne dla działów prawnych i finansowych spółek zależnych.

Jak zagraniczna spółka zależna staje się polskim podatnikiem CIT?

Każda spółka z ograniczoną odpowiedzialnością lub spółka akcyjna z siedzibą w Polsce jest rezydentem podatkowym RP. Oznacza to pełny obowiązek podatkowy – opodatkowanie całości dochodów bez względu na miejsce ich osiągnięcia. Rejestracja w KRS automatycznie uruchamia obowiązek rejestracji w urzędzie skarbowym i nadania numeru NIP. Termin na rejestrację podatkową wynosi 7 dni od wpisu do KRS.

Rok podatkowy spółki zależnej może różnić się od roku kalendarza. Spółki wchodzące w skład grup kapitałowych często ujednolicają rok podatkowy z rokiem grupy – np. z rokiem finansowym kończącym się 31 marca lub 30 września. Zmiana roku podatkowego wymaga zgłoszenia do naczelnika urzędu skarbowego przed jego rozpoczęciem. W praktyce wiele zagranicznych inwestorów o tym zapomina i rozlicza pierwszy rok podatkowy błędnie.

Podstawa opodatkowania to dochód, czyli przychód pomniejszony o koszty uzyskania przychodów. Koszty muszą spełniać test z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT – muszą być poniesione w celu osiągnięcia przychodów albo zachowania lub zabezpieczenia ich źródła. Organy KAS kwestionują koszty usług niematerialnych nabywanych od podmiotów powiązanych (tzw. management fees), jeśli spółka nie potrafi wykazać ich faktycznego wykonania. To jeden z najczęstszych tematów kontroli zagranicznych spółek zależnych w Polsce.

Mały podatnik (przychody poniżej 2 mln EUR rocznie) może korzystać z 9-procentowej stawki CIT na podstawie art. 19 ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT. Prawo to traci się automatycznie po przekroczeniu progu. Spółka zależna powinna monitorować ten próg na bieżąco – przekroczenie go w trakcie roku oznacza stosowanie stawki 19% od następnego roku podatkowego. Alternatywą dla spółek reinwestujących zyski jest estoński CIT (art. 28j ustawy o CIT), który odracza podatek do momentu wypłaty dywidendy – rozwiązanie coraz popularniejsze wśród zagranicznych inwestorów budujących długoterminową obecność w Polsce.

  • Rejestracja w KRS → NIP → urząd skarbowy (termin: 7 dni od wpisu)
  • Wybór roku podatkowego: zgłoszenie przed jego rozpoczęciem
  • Weryfikacja progu małego podatnika: 2 mln EUR przychodów
  • Dokumentowanie kosztów usług niematerialnych od podmiotów powiązanych
  • Analiza opłacalności estońskiego CIT przed pierwszym rokiem operacyjnym

Spółka zależna dewelopera z Wiednia działająca w Małopolsce od lata 2024 r. przekroczyła próg małego podatnika już w trzecim kwartale. Brak bieżącego monitoringu oznaczał konieczność korekty zaliczek za cały rok – z odsetkami za zwłokę naliczonymi przez KAS.

Ceny transferowe – gdzie najczęściej traci zagraniczna spółka zależna?

Transakcje między polską spółką zależną a jej zagranicznym udziałowcem lub spółką siostrzaną podlegają obowiązkowi dokumentacyjnemu w zakresie cen transferowych. Próg dokumentacyjny wynosi 10 mln PLN dla transakcji towarowych i finansowych oraz 2 mln PLN dla transakcji usługowych i dotyczących wartości niematerialnych. Przekroczenie progu w danym roku podatkowym obliguje spółkę do sporządzenia dokumentacji local file. Grupy o skonsolidowanych przychodach powyżej 200 mln PLN muszą dodatkowo przygotować master file.

Dokumentacja cen transferowych musi być gotowa do dnia złożenia zeznania CIT-8 – czyli zasadniczo do końca trzeciego miesiąca po zakończeniu roku podatkowego. W praktyce wiele spółek zależnych odkłada ten obowiązek. KAS ma prawo zażądać dokumentacji w ciągu 14 dni od doręczenia wezwania. Brak dokumentacji w terminie skutkuje domniemaniem nierynkowości transakcji i ryzykiem szacowania dochodu przez organ.

Najczęściej kwestionowane transakcje w kontrolach KAS to: opłaty licencyjne za korzystanie z marki lub know-how grupy, wynagrodzenia za usługi zarządcze (management fees), pożyczki udzielone przez spółkę matkę i odsetki od tych pożyczek. W każdym z tych przypadków organ bada, czy cena odpowiada warunkom rynkowym – tzw. zasada arm's length. Jeśli spółka nie wykaże rynkowości, organ może doszacować dochód i naliczyć 10-procentową stawkę sankcyjną zamiast standardowych 19%.

Spółka IT z Dolnego Śląska działająca jako centrum usług wspólnych dla grupy skandynawskiej jesienią 2023 r. nie przygotowała analizy porównawczej (benchmarku) dla opłat licencyjnych. Kontrola KAS zakończyła się korektą dochodu o ponad 3 mln PLN i dodatkowym zobowiązaniem podatkowym. Benchmark sporządzony ex post nie przekonał organu – dokumentacja musi być przygotowana przed złożeniem zeznania, nie po wezwaniu.

Warto też pamiętać o obowiązku raportowania cen transferowych w formularzu TPR (Transfer Pricing Report). TPR składa się elektronicznie do Szefa KAS w terminie zbieżnym z CIT-8. Formularz zawiera dane o metodzie ustalania ceny, wartości transakcji i wynikach benchmarku. Błędy w TPR lub jego brak to oddzielna podstawa do nałożenia sankcji – niezależnie od prawidłowości samej dokumentacji.

Dla zagranicznych grup kapitałowych istotny jest też obowiązek Country-by-Country Reporting (CbCR). Grupy z przychodami powyżej 750 mln EUR globalnie muszą złożyć raport CbCR do Szefa KAS. Polska spółka zależna ma obowiązek powiadomić organ o podmiocie raportującym w grupie – w terminie do końca roku podatkowego, za który raport jest składany.

Podatek u źródła – pułapki dla zagranicznych udziałowców

Podatek u źródła (WHT – withholding tax) to jeden z obszarów generujących największe ryzyko dla zagranicznych spółek zależnych w Polsce. Wypłata dywidendy do spółki matki za granicą podlega co do zasady 19-procentowemu podatkowi u źródła. Stawka może zostać obniżona lub wyłączona na podstawie umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania (UPO) lub dyrektywy Parent-Subsidiary. Polska ma podpisane UPO z ponad 80 krajami.

Zastosowanie preferencyjnej stawki WHT nie jest jednak automatyczne. Od 2022 r. obowiązuje tzw. mechanizm pay and refund dla płatności przekraczających 2 mln PLN rocznie na rzecz jednego podmiotu powiązanego. Płatnik – polska spółka zależna – jest zobowiązany pobrać podatek według stawki podstawowej, a odbiorca zagraniczny musi następnie wystąpić o zwrot. Procedura zwrotu trwa do 6 miesięcy. To poważna pułapka dla grup zarządzających płynnością finansową centralnie.

Alternatywą jest uzyskanie opinii o stosowaniu preferencji (OSP) wydawanej przez Dyrektora KIS na wniosek złożony przez płatnika lub podatnika. Opinia jest ważna 36 miesięcy i pozwala stosować stawkę UPO bezpośrednio przy każdej wypłacie powyżej progu 2 mln PLN. Czas oczekiwania na opinię wynosi urzędowo 6 miesięcy, ale w praktyce może być dłuższy. Planowanie wypłat dywidend warto zacząć minimum rok przed pierwszą dużą dystrybucją zysku.

Oprócz dywidend, WHT obejmuje odsetki, należności licencyjne i wybrane usługi niematerialne. Stawki różnią się w zależności od rodzaju płatności i kraju odbiorcy. Dla odsetek wypłacanych do spółki z UE zastosowanie może mieć dyrektywa Interest & Royalties, eliminująca podatek przy spełnieniu warunków dotyczących okresu posiadania udziałów (minimum 24 miesiące) i progu udziałowego (minimum 25%).

Spółka zależna z branży farmaceutycznej zarejestrowana w Warszawie wypłaciła w 2024 r. należności licencyjne do spółki matki w Szwajcarii. Polska nie jest związana dyrektywą Interest & Royalties wobec podmiotów szwajcarskich. Zastosowanie stawki z UPO Polska-Szwajcaria wymagało weryfikacji statusu beneficial owner odbiorcy i spełnienia testu rzeczywistego beneficjenta. Brak tej weryfikacji to klasyczny błąd prowadzący do odpowiedzialności płatnika.

Zagadnienie to łączy się bezpośrednio z tematem cen transferowych – jeśli KAS zakwestionuje rynkowość opłat licencyjnych, może jednocześnie podważyć prawidłowość pobranego WHT. Ryzyko kumuluje się. Dlatego analiza WHT i cen transferowych powinna być prowadzona łącznie, nie jako osobne projekty. Szczegółowe omówienie zwolnień i wyjątków od CIT minimalnego, który dotyka polskie spółki zależne o niskiej rentowności, zawiera odrębna analiza na naszym portalu.

KSeF i JPK_CIT – nowe obowiązki raportowe od 2026 r.

Od 1 kwietnia 2026 r. wszystkie spółki zarejestrowane jako podatnicy VAT w Polsce – w tym zagraniczne spółki zależne – będą miały obowiązek wystawiania faktur wyłącznie za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Podstawa prawna to art. 106na ustawy o VAT. Faktury muszą być wystawiane w formacie FA(3) i przesyłane do systemu KSeF w czasie rzeczywistym. Kary za naruszenia zaczną obowiązywać od 1 stycznia 2027 r.

Dla zagranicznych spółek zależnych KSeF oznacza przede wszystkim konieczność integracji systemu ERP z API KSeF. Grupy kapitałowe, które prowadzą systemy ERP centralnie (np. SAP lub Oracle na poziomie grupy), muszą zadbać o lokalizację modułu fakturowania dla polskiej spółki zależnej. To zadanie techniczne, ale odpowiedzialność za jego wykonanie spoczywa na zarządzie polskiej spółki – nie na centrali grupy.

Równolegle od roku podatkowego rozpoczętego po 31 grudnia 2024 r. duże podmioty (przychody powyżej 50 mln EUR) mają obowiązek przesyłania ksiąg rachunkowych w formie JPK_CIT. JPK_CIT to elektroniczny plik kontrolny zawierający dane z ksiąg podatkowych w ustandaryzowanym formacie XML. Organy KAS mogą go analizować automatycznie, co radykalnie skraca czas wykrycia nieprawidłowości. Dla mniejszych podmiotów obowiązek wejdzie stopniowo – warto sprawdzić aktualny harmonogram przed началом roku podatkowego.

W praktyce – wiele zagranicznych spółek zależnych o tym zapomina – obowiązek JPK_CIT dotyczy nie tylko raportowania bieżącego, ale również poprawnego oznaczania transakcji w ciągu roku. Błędy w oznaczeniach JPK są trudne do skorygowania retroaktywnie. Doradca podatkowy Warszawa, który obsługuje polską spółkę zależną, powinien wdrożyć procedury oznaczania transakcji już na etapie konfiguracji systemu księgowego.

KSeF i JPK_CIT to elementy szerszej cyfryzacji administracji podatkowej w Polsce. KAS dysponuje coraz bardziej zaawansowanymi narzędziami analityki danych. Rozbieżności między danymi z KSeF, JPK_VAT i JPK_CIT będą automatycznie sygnalizowane jako anomalie i mogą inicjować czynności sprawdzające bez formalnego wszczęcia kontroli. Zagraniczne spółki zależne, które dotychczas traktowały polskie obowiązki raportowe jako formalność, muszą zmienić podejście.

IP Box i inne ulgi – czy zagraniczna spółka zależna może korzystać?

IP Box (art. 24d–24s ustawy o CIT) pozwala opodatkować kwalifikowany dochód z praw własności intelektualnej stawką 5% zamiast standardowych 19%. Z ulgi mogą korzystać podatnicy CIT prowadzący działalność badawczo-rozwojową (B+R) i uzyskujący dochody z kwalifikowanych IP – patentów, praw autorskich do oprogramowania, wzorów przemysłowych. Zagraniczna spółka zależna zarejestrowana w Polsce jako podatnik CIT ma pełne prawo do IP Box, jeśli spełnia warunki merytoryczne.

Warunkiem skorzystania z IP Box jest prowadzenie ewidencji rachunkowej pozwalającej na wyodrębnienie dochodu z kwalifikowanego IP. Ewidencja musi być prowadzona na bieżąco – nie można jej odtworzyć retroaktywnie. Ponadto wymagane jest obliczenie wskaźnika nexus, który określa, jaka część dochodów z IP pochodzi z własnej działalności B+R spółki (a nie wyłącznie z nabytych praw). Im wyższy własny nakład na B+R, tym wyższy wskaźnik i wyższa kwota objęta stawką 5%.

Dla zagranicznych grup technologicznych polskie centra B+R często pełnią rolę spółek zależnych wykonujących prace badawcze na zlecenie centrali. W takiej strukturze IP często pozostaje własnością centrali, a polska spółka zależna otrzymuje wynagrodzenie cost-plus za usługi B+R. Taka spółka nie korzysta z IP Box – bo nie posiada kwalifikowanego IP. Przeniesienie własności IP do polskiej spółki zależnej może odblokować dostęp do ulgi, ale wymaga analizy skutków WHT i cen transferowych po stronie grupy.

Odrębną kwestią jest ulga B+R (art. 18d ustawy o CIT), która pozwala odliczyć od podstawy opodatkowania 100% lub 150% kosztów kwalifikowanych prac badawczo-rozwojowych. Ulga B+R i IP Box mogą być stosowane łącznie – to tzw. ulga B+R+IP Box. Zagraniczne spółki zależne prowadzące centra usług wspólnych z komponentem B+R powinny regularnie weryfikować, czy ich działalność kwalifikuje się do obu ulg jednocześnie. Pominięcie tej możliwości to utracona korzyść, której nie można odzyskać po zamknięciu roku podatkowego.

Fundacja rodzinna jako element struktury grupy kapitałowej to temat osobny, ale warto odnotować, że zagraniczni inwestorzy coraz częściej pytają o możliwość połączenia polskiej spółki zależnej z fundacją rodzinną jako wehikułem holdingowym. Fundacja rodzinna jest zwolniona z CIT od dochodów inwestycyjnych do momentu wypłaty świadczeń beneficjentom. To istotna różnica w porównaniu z klasyczną holdingową spółką z o.o. Zagadnienie zatrudnienia przy restrukturyzacjach grup kapitałowych – w tym zwolnień grupowych przy reorganizacji – omawia odrębny artykuł o procedurze notyfikacji i konsultacji.

Perspektywy zmian i strategia podatkowa dla zagranicznych spółek zależnych

Polski system CIT przechodzi głęboką transformację. Wdrożenie globalnego podatku minimalnego (Pillar Two) na poziomie 15% dla grup o przychodach powyżej 750 mln EUR rocznie jest procesem, który bezpośrednio dotyczy zagranicznych spółek zależnych działających w Polsce jako część dużych grup multinarodowych. Polska transponuje dyrektywę Pillar Two i spółki zależne muszą przygotować się na dodatkowe obowiązki raportowe i potencjalną dopłatę podatku, jeśli efektywna stawka w Polsce spadnie poniżej 15%.

Jednocześnie KAS intensyfikuje kontrole zagranicznych spółek zależnych w trzech obszarach: ceny transferowe, WHT i rzeczywista substancja gospodarcza (substance). Organ bada, czy polska spółka zależna ma realną obecność w Polsce – zarząd podejmujący decyzje na miejscu, personel wykonujący kluczowe funkcje, infrastrukturę. Spółka istniejąca tylko formalnie, bez substancji, ryzykuje zakwestionowanie rezydencji podatkowej lub odmowę zastosowania UPO.

Z perspektywy strategicznej zagraniczna spółka zależna powinna regularnie przeprowadzać przegląd podatkowy (tax health check) – co najmniej raz na dwa lata lub przed każdą zmianą struktury grupy. Przegląd powinien obejmować: weryfikację dokumentacji cen transferowych, analizę WHT od wszystkich płatności transgranicznych, ocenę kwalifikowalności do IP Box i ulgi B+R oraz sprawdzenie gotowości do KSeF i JPK_CIT. Brak przeglądu to ryzyko, które kumuluje się latami i ujawnia się dopiero w kontroli KAS – kiedy jest już za późno na łatwe korekty.

Warto też śledzić zmiany w zakresie CIT minimalnego, który obejmuje spółki o niskiej rentowności (poniżej 2% rentowności przychodowej). Zagraniczne spółki zależne w fazie rozruchu lub restrukturyzacji często przez kilka lat wykazują niskie zyski lub straty – i mogą wpaść w zakres CIT minimalnego, nie zdając sobie z tego sprawy. Stawka wynosi 10% podstawy obliczonej według specjalnych reguł, niezależnie od standardowego CIT. Szczegółowe omówienie tego mechanizmu, w tym katalogu wyłączeń, zawiera analiza CIT minimalnego dostępna na naszej stronie.

Liczby mówią same za siebie: zagraniczne spółki zależne, które nie zarządzają aktywnie obowiązkami CIT w Polsce, narażają się na kumulację zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę (obecnie 14,5% rocznie) i sankcji w zakresie cen transferowych. Odpowiedzialność osobista członków zarządu wynikająca z art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej oznacza, że zaległości podatkowe spółki mogą stać się długiem prywatnym dyrektora zarządzającego – nieodwracalnym skutkiem, który zamyka drogę do spokojnego wyjścia z polskiego rynku.

Konkretna sytuacja Państwa spółki zależnej wymaga indywidualnej oceny – zaniedbania w obszarze CIT, cen transferowych i WHT mogą prowadzić do odpowiedzialności osobistej zarządu, której nie można cofnąć po wszczęciu kontroli przez KAS.

Jeśli Państwa zagraniczna spółka zależna działa w Polsce od ponad roku i nie przeprowadziła przeglądu podatkowego obejmującego ceny transferowe, WHT i gotowość do KSeF – przeprowadzimy kompleksowy tax health check, przygotujemy dokumentację local file i ocenimy możliwości zastosowania IP Box: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Czy zagraniczna spółka zależna w Polsce musi sporządzać dokumentację cen transferowych, jeśli jej przychody są niskie?

O: Obowiązek dokumentacyjny zależy od wartości transakcji z podmiotami powiązanymi, nie od przychodów spółki. Próg wynosi 10 mln PLN dla transakcji towarowych i finansowych oraz 2 mln PLN dla usługowych i dotyczących wartości niematerialnych. Nawet spółka z niewielkimi przychodami, ale regularnie płacąca management fees lub odsetki od pożyczki od spółki matki, może przekroczyć próg dokumentacyjny. Brak dokumentacji w terminie 14 dni od wezwania organu skutkuje domniemaniem nierynkowości transakcji.

P: Czy zagraniczna spółka zależna może uniknąć mechanizmu pay and refund przy wypłacie dywidendy?

O: Mechanizm pay and refund przy płatnościach powyżej 2 mln PLN rocznie można ominąć przez uzyskanie opinii o stosowaniu preferencji (OSP) od Dyrektora KIS. Opinia jest ważna 36 miesięcy i pozwala stosować stawkę z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania bezpośrednio przy każdej wypłacie. Wniosek o opinię należy złożyć z wyprzedzeniem – urzędowy termin wydania to 6 miesięcy, ale w praktyce może być dłuższy. Powszechnym błędem jest założenie, że preferencja z umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania działa automatycznie bez żadnych formalności po stronie polskiej spółki zależnej.

P: Od kiedy zagraniczna spółka zależna musi korzystać z KSeF i jakie grożą kary za opóźnienie?

O: Obowiązek wystawiania faktur przez Krajowy System e-Faktur wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 roku dla wszystkich podatników VAT, w tym zagranicznych spółek zależnych zarejestrowanych w Polsce. Kary za naruszenia obowiązują od 1 stycznia 2027 roku, co daje rok na dostosowanie systemów. Odpowiedzialność za wdrożenie spoczywa na zarządzie polskiej spółki – nie na centrali grupy. Integracja systemu ERP z API KSeF w dużych grupach kapitałowych trwa przeciętnie od 3 do 6 miesięcy, więc prace wdrożeniowe powinny ruszyć natychmiast.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego dla zagranicznych spółek zależnych, grup kapitałowych i inwestorów wchodzących na rynek polski. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Autor

Katarzyna Janowska kieruje praktyką podatkową KORDECKI & Partners. Przez dziewięć lat pracowała w dziale podatkowym firmy Big Four. Specjalizuje się w doradztwie CIT/PIT/VAT, wdrożeniach KSeF, JPK_CIT, Pillar Two, IP Box, cenach transferowych, kontrolach KAS oraz sporach podatkowych przed WSA i NSA. Utworzyła osiem fundacji rodzinnych od wejścia ustawy w życie w maju 2023 r.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.