Firma produkcyjna z Niemiec otwiera spółkę zależną w Polsce. Zarząd w Berlinie zakłada, że lokalna księgowość „ogarnie podatki". Po osiemnastu miesiącach działalności spółka otrzymuje zawiadomienie o kontroli KAS. Okazuje się, że brakuje dokumentacji cen transferowych, nie złożono w terminie formularzy TP-R, a koszty usług zarządczych świadczonych przez spółkę matkę zakwestionowano jako nieudokumentowane.

Zagraniczna spółka zależna zarejestrowana w Polsce jako podatnik CIT podlega tym samym obowiązkom co polska spółka – w tym stawce 19% na podstawie artykułu 19 ustęp 1 ustawy o CIT, obowiązkowi dokumentowania kosztów zgodnie z artykułem 15 ustęp 1 ustawy o CIT, oraz – od 1 kwietnia 2026 roku – obowiązkowi wystawiania faktur przez KSeF na podstawie artykułu 106na ustawy o VAT. Pominięcie tych obowiązków prowadzi do zakwestionowania kosztów, kar i odpowiedzialności zarządu.

Poniżej przedstawiamy anonimizowane studium przypadku: jak spółka zależna niemieckiej grupy kapitałowej ustabilizowała swoją sytuację podatkową w Polsce, jakie błędy popełniła na starcie i jakie wnioski wyciągnęła. Każdy etap – od tła sprawy po lekcje praktyczne – można przełożyć bezpośrednio na sytuację innej zagranicznej spółki operującej w Polsce.

Tło sprawy: co poszło nie tak?

Spółka – nazwijmy ją PolSub – rozpoczęła działalność produkcyjną na Dolnym Śląsku wiosną 2023 roku. Kapitał zakładowy wynosił 500 000 PLN. Spółka matka z Hamburga świadczyła na jej rzecz usługi zarządcze, licencje na know-how i finansowanie wewnątrzgrupowe. Żadna z tych transakcji nie była objęta lokalną polityką cen transferowych.

KAS wszczęła kontrolę jesienią 2024 roku. Organ zakwestionował trzy obszary. Po pierwsze – usługi zarządcze: brak analizy porównawczej uzasadniającej poziom wynagrodzenia. Po drugie – opłaty licencyjne: brak dokumentacji potwierdzającej, że wartości niematerialne faktycznie generują wartość dla PolSub. Po trzecie – odsetki od pożyczki wewnątrzgrupowej: stopa procentowa oderwana od warunków rynkowych. Łączna wartość zakwestionowanych kosztów przekroczyła 2,8 mln PLN.

Równolegle organ stwierdził brak złożenia formularza TP-R za rok 2023 – mimo że progi dokumentacyjne zostały przekroczone już w pierwszym roku działalności. Obowiązek złożenia TP-R powstaje, gdy wartość jednorodnej transakcji kontrolowanej przekracza 2 mln PLN. PolSub przekroczyła ten próg przy samych usługach zarządczych.

Wnioski na tym etapie są jednoznaczne. Zagraniczne grupy kapitałowe często niedoszacowują polskich wymogów compliance w pierwszym roku operacyjnym. Przekonanie, że „lokalna księgowość wystarczy", jest kosztownym błędem – zwłaszcza gdy transakcje wewnątrzgrupowe od razu osiągają istotną skalę.

Strategia i proces: jak naprawić sytuację?

KORDECKI & Partners przystąpiło do sprawy w fazie czynnego postępowania kontrolnego. Strategia opierała się na trzech filarach: uzupełnieniu dokumentacji cen transferowych, obronie zasadności kosztów na gruncie art. 15 ust. 1 ustawy o CIT oraz przygotowaniu spółki do przyszłych obowiązków – w tym KSeF i ewentualnego IP Box.

W pierwszym kroku sporządzono analizę benchmarkingową dla każdego z trzech typów transakcji. Dla usług zarządczych zastosowano metodę ceny odprzedaży. Dla licencji – metodę podziału zysku. Dla pożyczki wewnątrzgrupowej – metodę porównywalnej ceny niekontrolowanej z odniesieniem do danych Bloomberg. Każda analiza objęła dane za lata 2021–2023 z bazy Orbis.

W drugim kroku złożono spóźniony formularz TP-R z uzasadnieniem przyczyn opóźnienia. Organ nie wymierzył kary, przyjmując wyjaśnienia dotyczące pierwszego roku operacyjnego i braku świadomości progów. To ważna lekcja: czynny żal i dobrowolna korekta działają – ale tylko wtedy, gdy wyprzedzają formalne zarzuty.

Trzeci krok dotyczył przyszłości. Spółka wdrożyła wewnętrzną politykę cen transferowych obejmującą wszystkie transakcje z podmiotami powiązanymi. Jednocześnie uruchomiono projekt integracji systemu ERP z KSeF – obowiązek ten wchodzi w życie 1 kwietnia 2026 roku i dotyczy wszystkich zarejestrowanych podatników VAT, niezależnie od kraju siedziby spółki matki.

Wynik postępowania: KAS zaakceptowała dokumentację w zakresie usług zarządczych i odsetek. Zakwestionowała część kosztów licencyjnych – łącznie 380 000 PLN. Spółka zapłaciła zaległość z odsetkami, unikając sankcji dodatkowych i odpowiedzialności karno-skarbowej zarządu.

Warto przy tej okazji sprawdzić, czy działalność PolSub kwalifikuje się do ulgi IP Box przewidzianej w art. 24d–24s ustawy o CIT. Produkcja z elementem know-how licencjonowanego przez spółkę matkę może – po spełnieniu wymogów nexus – podlegać opodatkowaniu stawką 5%. To szansa, którą wiele zagranicznych spółek zależnych pomija. Więcej o usługach podatkowych dla podmiotów działających w Polsce – w tym o wdrożeniach IP Box i dokumentacji cen transferowych.

Dla spółek z grupy objętych zakresem polskiej ustawy sankcyjnej dodatkowym elementem compliance jest weryfikacja kontrahentów pod kątem list sankcyjnych. Szczegóły dotyczące polskiej ustawy sankcyjnej z 2022 roku i jej konsekwencji opisujemy w osobnym materiale.

Jakie lekcje wyciągnąć z tej sprawy?

Studium przypadku PolSub pokazuje cztery wzorce, które powtarzają się u zagranicznych spółek zależnych wchodzących na rynek polski. Rozpoznanie ich z wyprzedzeniem pozwala uniknąć kosztownych korekt.

  • Progi dokumentacyjne powstają szybciej niż się wydaje. Przy usługach zarządczych i finansowaniu wewnątrzgrupowym próg 2 mln PLN można przekroczyć już w pierwszym roku operacyjnym.
  • Brak polityki cen transferowych to nie oszczędność – to ryzyko. Sporządzenie dokumentacji lokalnej i grupowej przed pierwszą transakcją jest wielokrotnie tańsze niż obrona przed KAS.
  • KSeF dotyczy każdego podatnika VAT w Polsce. Zagraniczne grupy muszą zaplanować integrację ERP z co najmniej 6-miesięcznym wyprzedzeniem przed 1 kwietnia 2026 roku.
  • IP Box i fundacja rodzinna to instrumenty planowania, nie tylko dla polskich przedsiębiorców. Grupy z wartościami niematerialnymi mogą obniżyć efektywną stawkę CIT do 5%.

Kontrole KAS dotyczące cen transferowych trwają średnio od 6 do 18 miesięcy. W tym czasie zasoby zarządu są absorbowane przez postępowanie, a ryzyko rozlewa się na inne obszary – w tym odpowiedzialność osobistą członków zarządu na podstawie art. 116 § 1 Ordynacji podatkowej. Zaległa kwota podatku spółki może stać się długiem osobistym zarządu, jeśli egzekucja wobec spółki okaże się bezskuteczna.

Konkretna sytuacja Państwa spółki wymaga oceny przed pierwszą transakcją z podmiotem powiązanym – nie po kontroli. Zaniechanie dokumentacji cen transferowych zamyka drogę do obrony kosztów i naraża zarząd na nieodwracalne konsekwencje finansowe.

Jeśli Państwa zagraniczna spółka zależna w Polsce przekroczyła lub zbliża się do progu 2 mln PLN w transakcjach wewnątrzgrupowych – przeprowadzimy przegląd dokumentacji, ocenę ryzyka KAS i plan wdrożenia KSeF: info@kordeckipartners.com.

Często zadawane pytania

P: Od kiedy zagraniczna spółka zależna w Polsce musi sporządzać dokumentację cen transferowych?

O: Obowiązek powstaje, gdy wartość jednorodnej transakcji kontrolowanej przekracza 2 mln PLN rocznie. Dotyczy to pierwszego pełnego roku obrotowego, w którym próg został osiągnięty. Dokumentacja lokalna powinna być gotowa do dnia złożenia zeznania CIT-8 – czyli co do zasady w ciągu 3 miesięcy po zakończeniu roku podatkowego. Brak dokumentacji w terminie kontroli to podstawa do zakwestionowania kosztów i nałożenia sankcji.

P: Czy zagraniczna spółka zależna może skorzystać z ulgi IP Box w Polsce?

O: Tak, jeśli spółka prowadzi działalność badawczo-rozwojową lub korzysta z kwalifikowanych praw własności intelektualnej wytworzonych lub ulepszonych w ramach prac B+R. Artykuł 24d–24s ustawy o CIT przewiduje stawkę 5% od dochodu z kwalifikowanego IP. Kluczowym warunkiem jest spełnienie wskaźnika nexus – czyli wykazanie proporcji między własnymi nakładami B+R a kosztami nabycia IP. Doradca podatkowy w Warszawie lub Krakowie może przeprowadzić analizę kwalifikowalności przed złożeniem wniosku o opinię zabezpieczającą.

P: Jakie są konsekwencje braku rejestracji do KSeF dla zagranicznej spółki zależnej?

O: Od 1 kwietnia 2026 roku każdy zarejestrowany podatnik VAT w Polsce – niezależnie od kraju siedziby spółki matki – musi wystawiać faktury ustrukturyzowane przez KSeF zgodnie z artykułem 106na ustawy o VAT. Kary za naruszenia wchodzą w życie od 1 stycznia 2027 roku. Brak integracji systemu ERP z KSeF oznacza ryzyko zakwestionowania odliczenia VAT przez kontrahentów oraz sankcje administracyjne. Projekt integracji warto uruchomić najpóźniej w trzecim kwartale 2025 roku.

KORDECKI & Partners to kancelaria prawna z siedzibą w Warszawie i Krakowie, doradzająca klientom biznesowym w 30 jurysdykcjach. Zespół łączy doświadczenie w prawie polskim i międzynarodowym z praktycznym podejściem do doradztwa podatkowego dla zagranicznych spółek zależnych, w tym dokumentacji cen transferowych, wdrożeń KSeF i IP Box. Pracujemy z polskimi przedsiębiorcami, inwestorami zagranicznymi i działami prawnymi korporacji. W sprawie Państwa sytuacji: info@kordeckipartners.com.

Zastrzeżenie: Niniejsza publikacja służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi porady prawnej. Informacje zawarte w materiale nie powinny być traktowane jako substytut profesjonalnej porady prawnej dostosowanej do konkretnych okoliczności. KORDECKI & Partners nie ponosi odpowiedzialności za działania podjęte lub zaniechane na podstawie treści tego materiału. W sprawie porady dotyczącej Państwa konkretnej sytuacji prosimy o kontakt: info@kordeckipartners.com.